Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
L’objectif général est d’étudier les mécanismes de résistance au stress et de longévité des coraux, et d’appliquer ces connaissances au développement de méthodes efficaces de suivi de la santé des récifs coralliens. En effet, les récifs coralliens se dégradent rapidement, et le développement de systèmes de suivi rapides et efficaces pour évaluer leur santé est essentiel. Mieux comprendre la résistance au stress et la longévité des coraux, ainsi que prédire leur mortalité, est un objectif majeur pour comprendre efficacement l’impact du changement climatique et de la pression anthropique sur les récifs coralliens. Nous avons précédemment publié que les coraux longévifs possèdent des télomères, une voie essentielle pour assurer leur longévité et maintenir leurs cellules somatiques, moins sensibles aux variations de température que les coraux à courte durée de vie. Nous souhaitons maintenant approfondir notre compréhension, par des études à grande échelle en milieu naturel, des liens entre télomères, environnement et santé des coraux. À cette fin, nous avons défini une combinaison d’attributs visuels liés à la santé d’une colonie corallienne, qui peuvent être facilement extraits de photographies de colonies et comparés à des données moléculaires et environnementales. Le programme de doctorat est divisé en trois tâches :
1) Modélisation des relations entre les attributs visuels liés à la santé d’une colonie corallienne récifale donnée et les données d’âge, de transcriptomique, de télomérique, de métabarcoding (composition des symbiotes) et de morphologie corallienne générées pour cette même colonie. Ces données seront analysées à l’aide d’outils biostatistiques et d’intelligence artifielle (IA) à partir d’un ensemble de données de 1 000 colonies échantillonnées dans le Pacifique lors de l’expédition Tara-Pacific.
2) Modélisation des déterminants environnementaux des attributs liés à la santé dans des sites contrastés à Moorea (Polynésie française) et en Indonésie (Papouasie, Raja Ampat et Bali). Ces données seront analysées à l’aide d’outils biostatistiques et d’IA à partir d’un ensemble de données de 5 000 colonies échantillonnées sur les sites d’étude au cours des deux dernières années.
3) Conception de machines IA capables de reconnaître automatiquement les attributs liés à la santé et de prédire la santé du récif corallien étudié.
Cette approche peut servir de modèle pour des l’etude de la santé des coraux et des approches "One-Health".
Contexte :
La personne recrutée sera co-dirigée par le Pr Eric GILSON le Dr Eric ROTTINGER

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Aucune