Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Cette thèse porte sur la conception et la mise en œuvre d’une analyse incrémentale
pour les modèles d’interaction entre instances de protéine décrits en Kappa. Nous comparerons deux approches : la première fondée sur l’utilisation d’hypergraphes pour exprimer comment chaque conclusion a été inférée, la seconde proposant une analyse de modèle paramétrique interfacée avec une analyse incrémentale classique pour ajouter des règles à la volée.
Nous étudierons également les meta-langages proposés dans la littérature pour les compiler sous forme de modèles paramétrés, et donc permettre leur analyse en amont. Enfin, l’intégration de l’analyse incrémentale dans un éditeur pose des questions d’ingénierie ardues qui sortent du cadre de la thèse.
Contexte :
Cette thèse se déroulera au sein de l’équipe Antique, du département d’informatique de l'Ecole normale supérieure. Le domaine de recherche principal de cette équipe est l'analyse statique par interprétation abstraite --- une théorie unifiante pour comparer formellement le comportement d'un système dynamique à différents niveaux d'abstraction. La thèse sera encadrée par Jérôme Feret, spécialiste depuis plus de quinze ans, en interprétation abstraite des modèles de voies de signalisation écrit en Kappa.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :