Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Thèse de doctorat: Génomique éco-évolutive de la faune australe antarctique française en réponse au virus Influenza aviaire H5N1.

Depuis la fin de 2022, le virus influenza aviaire hautement pathogène H5N1 provoque des mortalités catastrophiques chez les oiseaux et mammifères marins. En octobre 2024, cette épizootie a atteint les Terres Australes Antarctiques Françaises (TAAF), causant des mortalités exceptionnelles chez trois espèces remarquables : l'éléphant de mer austral (Mirounga leonina), le manchot royal (Aptenodytes patagonicus) et le grand albatros (Diomedea exulans). Ces espèces font l'objet de suivis démographiques, écologiques et épidémiologiques depuis des décennies par les équipes du Centre d'Études Biologiques de Chizé (CEBC) et du Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE), en coopération avec l'Institut polaire français Paul-Émile Victor (IPEV). Cependant elles ont été peu ou jamais été étudiées sur le plan génétique et moléculaire. L’épidémie de H5N1 dans les TAAF soulève des questions quant à l’impact démo-génétique de l’épizootie sur les populations d’oiseaux et de mammifères, les déterminants génétiques de la résilience/vulnérabilité au virus, notamment au niveau des gènes impliqués dans les réponses immunitaires, et le risque que certaines espèces puissent favoriser une préadaptation du virus à l’homme.
Cette thèse s’inscrit dans une initiative MITI Santé inter-instituts du CNRS (Écologie & Environnement – Biologie) et vise à exploiter la complémentarité entre la génomique des populations, la phylogénomique, l'évolution moléculaire et fonctionnelle, et la virologie moléculaire pour (i) caractériser l’impact de l’épizootie H5N1 sur les populations des TAAF, et (ii) identifier les déterminants génétiques des différences intra- et inter-espèces dans la vulnérabilité / résistance au virus. La thèse s’organisera en quatre volets :
1. État de la diversité génétique pré-épizootie. Établir une référence historique de la diversité génétique prédatant l'épizootie par l’analyse des génomes entiers de 20 individus par espèce. Les analyses bioinformatiques et génomiques des populations viseront à comprendre les forces évolutives ayant façonné les génomes et leur capacité à répondre à l'épizootie.
2. Impact de l'épizootie sur la santé génétique des populations. Mesurer l'évolution de la diversité et du fardeau génétique en comparant les données génétiques des populations avant (volet 1) et pendant/après l'épizootie. Pour ce faire de nouveaux génomes de ~20 individus (10 morts du H5N1 et 10 exposés mais sains) seront comparés à la cohorte historique. Cette étape visera à identifier les nouvelles signatures génétiques de sélection et modéliser la résilience des populations par la génomique des populations.
3. Différences inter-espèces de vulnérabilité/sensibilité au H5N1 - Évolution moléculaire. Analyser l'évolution moléculaire à une large échelle taxonomique de
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Le/la candidat(e) recruté(e) aura des connaissances solides de génétique des populations et de génomique évolutive, et maîtrisera un langage (bio-)informatique de programmation (e.g. R, Python, bash), et sera familier avec l’utilisation de cluster de calcul haut débit. Le/la candidat(e) aura une expérience directe d'analyse de données de séquençage, en particulier dans la manipulation de vastes jeux d'alignement de données génomiques de nouvelle génération. Le/la candidat(e) pourra communiquer en Anglais, une partie du laboratoire d'accueil étant non-francophone. Il/elle sera doué(e) de bonnes capacités de communication, d’autonomie, de travail en équipe, de synthèse des travaux en cours et sera soucieux(se) d'appliquer les procédures idoines garantissant la réplicabilité des analyses bio-informatiques, notamment par la mise en place de procédures transparentes et reproductibles. Une expérience préalable en biologie moléculaire et travail en laboratoire (extraction d'ADN, construction de librairies) serait un plus, mais pas indispensable.