L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli(e) au centre de recherche INRAE Occitanie-Toulouse dans l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage; https://genphyse.inrae.fr/) au sein de son pôle 4 (Mécanismes cellulaires et moléculaires de l’élaboration des phénotypes) et de l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes). Vous exercerez votre activité à l’interface avec l’équipe MUSE (Microbiote, nutrition et santé digestive) dans le cadre d’un projet de recherche transfrontalier avec l’Espagne (https://www.poctefa.eu/fr/blog/news/evenement-de-lancement-du-projet-poctefa-ram-cooperation-transfrontaliere-face-aux-resistances-antimicrobiennes-dans-lelevage/). 

La mission principale du projet est d’évaluer la qualité microbiologique dans les processus d’insémination artificielle chez les ovins. L’objectif est de développer de nouveaux protocoles permettant de réduire l’usage des antibiotiques, évitant ainsi l’apparition de bactéries résistantes. En dehors des aspects zootechniques de la gestion de la reproduction, le projet repose sur des approches de microbiologie et de métagénomique au cœur de la mission de ce CDD.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• L’organisation et la gestion des procédures expérimentales en relation avec les centres d’insémination ovine.
• La collecte, la gestion et la traçabilité des échantillons biologiques et des données expérimentales.
• Les expérimentations de microbiologie et de biologie moléculaire comprenant : 
• l’isolement, la mise en culture et le stockage de souches bactériennes à partir de divers échantillons biologiques,
• la détection de souches résistantes aux antibiotiques (antibiogrammes),
• la préparation d’échantillons d’ADN pour la métagénomique en relation avec une plateforme spécialisée en analyse génomique.
• La rédaction de procédures et de comptes-rendus.

• Formation recommandée : BTS, DUT, BUT, Licence Pro dans les domaines de la biologie, la biotechnologie et la bioanalyse. 
• Connaissances souhaitées : microbiologie et biologie moléculaire.
• Expérience appréciée : laboratoire de recherche ou d’analyse de la qualité microbiologique.
• Aptitudes recherchées : maîtriser les techniques de base en microbiologie et biologie moléculaire, être impliqué dans la démarche qualité, montrer de la rigueur et de la fiabilité dans l'exécution des protocoles, respecter les bonnes pratiques de laboratoire et les procédures de traçabilité des échantillons et des données, savoir communiquer et mettre en forme les résultats expérimentaux, pouvoir travailler en équipe dans un contexte international (maîtrise de l’espagnol sera un plus, anglais apprécié), montrer un intérêt pour l’amélioration des filières de production animale.