L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli-e au sein de l’UMR UMET équipe Processus aux Interfaces et Hygiène des Matériaux (PIHM) qui est située à proximité de l’Université de Lille. L’équipe PIHM s’intéresse notamment à la compréhension des interactions entre les microorganismes et les surfaces ainsi qu’au développement de stratégies innovantes permettant de maîtriser les contaminations microbiennes dans le secteur agroalimentaire.

Contexte : La persistance de microorganismes indésirables sous forme de biofilms sur la surface des équipements constitue un enjeu important pour la sécurité sanitaire des aliments. Malgré les opérations de nettoyage et de désinfection, certains microorganismes pathogènes ou d’altération peuvent persister et recoloniser rapidement les surfaces. Dans le cadre du projet BioFiLAct (AAP du CPER BiHauts Eco de France) et en collaboration avec l’UMRt BioEcoAgro équipe Sol4Health, nous proposons d’explorer une stratégie de biocontrôle basée sur l’installation de « biofilms positifs » sur les surfaces des équipements. Cette approche vise à compléter les procédures d’hygiène conventionnelles, en installant une barrière biologique capable d’occuper les surfaces propres mais «vulnérables» pendant les phases critiques de recolonisation microbienne. Elle repose sur le principe de l’exclusion compétitive : les microorganismes bénéfiques colonisent les surfaces disponibles afin de limiter l’implantation des microorganismes indésirables, par occupation des sites d’adhésion, consommation des nutriments accessibles et production de molécules antimicrobiennes, antiadhésives ou d’interférence. 

Lors de votre stage, vous serez en charge du développement de « biofilms positifs » pour limiter l’implantation de pathogènes sur des surfaces modèles. Dans ce cadre, vous serez amené(e)s à :

• Isoler de nouvelles souches de bactéries lactiques à partir de différentes matrices puis les identifier par des méthodes de microbiologie et de biologie moléculaire (PCR multiplexe, séquençage).
• Cribler les nouvelles bactéries lactiques ainsi que celles des souchiers de l’UMET PIHM et de BioEcoAgro-Sol4Health pour leur capacité à former des biofilms (mono-espèce ou mixtes). Les biofilms les plus prometteurs seront caractérisés dans différentes conditions environnementales, sur différents matériaux représentatifs et en conditions dynamiques (cellule d’écoulement sous microscope). 
• Evaluer la capacité des biofilms à limiter l’implantation de microorganismes pathogènes ou indésirables tels que Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Pseudomonas spp. ou Enterococcus cecorum par des méthodes complémentaires (dénombrement, microscopie de fluorescence, MEB, qPCR) en conditions statiques ou dynamiques.
• Rechercher les mécanismes moléculaires qui expliquent l’exclusion des pathogènes par les bactéries lactiques.

Formation recommandée : Etudiant de master 2 en microbiologie et/ou biotechnologies

Connaissances souhaitées : Connaissances théoriques et pratiques en microbiologie et en biologie moléculaire

Expérience appréciée : Une précédente expérience de stage en laboratoire serait un plus