Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Post-doctorat en génomique évolutive pour analyser l’évolution des chromosomes sexuels de champignons par des approches de génomique évolutive, au sein du laboratoire Ecologie, Société et Evolution de l’université Paris Saclay.
Activités :
-Analyses de chromosomes sexuels à partir de jeux de données haut-débit de génomes entiers Illumina, PacBio et MinION (SNP, variants structuraux, éléments transposables)
-Analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, sélection, synténie)
-Participation à la génération de données (participation à la gestion des souches, la culture, l’extraction d’ADN, le séquençage MinION, l’étude de la viabilité et fertilité des souches, la récolte de souches)
-Rédaction de publications
-Veille en bioinformatique et génomique évolutive
-Assurer une traçabilité et fiabilité des résultats
- Participer à la formation des nouveaux membres de l'équipe aux méthodes utilisées et aux bonnes pratiques de laboratoire

Contexte de travail :
L’unité Ecologie, Société et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l’origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l’évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L’unité est localisée sur le campus scientifique de l’université Paris-Saclay au sein de l’IDEEV (Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant) et compte 125 personnes et dispose d’une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro.
Le post-doc travaillera au sein de l’équipe “Génétique et écologie évolutives”, dans le groupe de Tatiana Giraud composé d’1 DR, 1 CR, 2 MdC, 3 doctorantes, 1 IR et 1 IE. Le poste se place au sein d’un projet ERC visant à comprendre l’évolution des chromosomes sexuels de champignons. Le CDD est pour 12 mois initialement mais est prolongeable éventuellement jusque 3 ans.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
-Maîtrise des analyses bioinformatiques sur des données de séquençage à haut-débit
-Maîtrise d'au moins un langage de programmation machine (C ,C++, java), un langage de script (python, perl), du logiciel R et d’un interpréteur shell Unix
-Connaissances générales en biologie, statistiques, et connaissances approfondies en biologie de l’évolution et génomique évolutive, et particulièrement sur l’évolution des chromosomes sexuels
-Maîtrise des outils de représentation des données (par exemple réaliser des représentations graphiques en utilisant le langage R)
-Maîtrise des analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, synténie, détection de sélection, SNP, variants structuraux, éléments transposables)
- Maîtrise des dépôts de pipelines d’analyses dans les banques publiques telles que GitHub
-Maitrise de l'anglais (oral et écrit).
- Capacité d'organisation et de planification.
- Rigueur et autonomie.
- Capacité d’initiative
- Aptitude à travailler en équipe et à s'inscrire dans des projets collectifs
- Assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées
-Capacité à transmettre ses connaissances techniques et son savoir-faire
-Capacité à adapter ses compétences aux évolutions permanentes de son domaine
-Capacité à diffuser ses résultats scientifiques par écrit et par oral
-Capacité à rédiger des articles scientifiques

Contraintes et risques :
Pas de risques au-delà de ceux classiques de travail dans un bureau et laboratoire de culture in vitro et de biologie moléculaire