Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Analyse transcriptomique chez le champignon Zymoseptoria tritici en réponse à des conditions environnementales stables et fluctuantes

Les organismes réagissent à leur environnement en ajustant l’expression de leurs gènes. Ce processus a lieu à deux échelles de temps radicalement différentes: au cours de la vie de l’individu, et à l’échelle évolutive, en conséquence de l’adaptation. Nous cherchons à comprendre comment ces deux processus interagissent, et comment la régulation des gènes contraint ou facilite la réponse à des environnements changeants. Notre espèce modèle est Zymoseptoria tritici, un champignon pathogène de plantes qui peut être cultivé de manière clonale en laboratoire. Une série d’évolutions expérimentales menées en 2024 et 2025 nous ont permis de montrer que l’adaptation à des nouvelles conditions de température (fraîches, chaudes, ou fluctuantes) et de nouvelles conditions d’élevage (milieu constant ou changeant) était rapide.

Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée devra analyser les données moléculaires issues de cette expérience.
Activités :
L’objectif de ce projet post-doctoral est d’analyser les données d’expression (RNAseq) issues de ces expériences afin de déterminer les rôles de l’adaptation, de la plasticité, et des contraintes génétiques sur l’évolution du transcriptome. Parmi les questions à aborder, on peut lister (1) Comment des scénarios environnementaux complexes affectent l’évolution du transcriptome, (2) Comment les co-expressions initiales contraignent la réponse plastique et la réponse évolutive, ou (3) est-ce que la plasticité d’expression est une propriété générale d’un transcriptome, ou est-elle spécifique d’un ou plusieurs facteurs environnementaux?
Contexte de travail :
Ce projet de post-doctorat est intégré à un projet de 3 ans financé par l’Agence Nationale pour la Recherche (ANR). Le consortium scientifique est piloté par deux chercheurs titulaires (Arnaud Le Rouzic, CNRS, et Anne Genissel, INRAE), Le post-doctorant pourra interagir avec les deux porteurs du projet. Il/Elle sera administrativement basé(e) à l’EGCE (Institut Diversité, Écologie et Évolution du Vivant, IDEEV). Les deux instituts proposent un cadre scientifique attractif; ils sont localisés à 3 km l’un de l’autre sur le nouveau campus de recherche de Paris-Saclay, à environ 35 km au sud de Paris.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
La personne recrutée sera titulaire d’un doctorat en biologie évolutive. Une expérience préalable en génétique des populations, et en bio-informatique (analyse RNAseq) est requise.
Contraintes et risques :