Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN répétitées capables de promouvoir leur propre mobilité. Ils sont largement répandus dans l’arbre du vivant et représentent souvent une fraction importante des génomes eucaryotes. Au-delà de leur capacité à envahir les génomes, les éléments transposables sont fréquemment impliqués dans des transferts horizontaux, leur permettant de coloniser de nouveaux hôtes. Cependant, comprendre et prédire comment les transferts horizontaux façonnent la distribution des ET entre les espèces est loin d’être trivial. En particulier, les estimations des taux de transfert basées sur les cas documentés sont à la fois biaisées et approximatives.

Ce projet vise à développer des modèles phylogénétiques explicites de l’évolution des ET intégrant les transferts horizontaux, et à utiliser ces modèles pour obtenir des estimations statistiques des principales dynamiques évolutives des familles d'ET à travers les espèces (par exemple, les taux de transfert horizontal et d’extinction). Le projet postdoctoral portera sur l’exploration de l’impact des transferts horizontaux sur la distribution de la présence/absence d'ET chez des espèces apparentées, à l’aide d’approches statistiques et/ou computationnelles.
Activités :
Au cours de ce projet, la personne recrutée sera en charge de :
* Implémenter un modèle théorique de la distribution des éléments transposables dans une phylogénie d'espèces en présence de transferts horizontaux
* Explorer ce modèle pour en déduire les patrons de distribution attendus sous différentes hypothèses de variation des taux de transferts horizontaux
* Implementer une version statistique de ce modèle destinée à estimer les taux de transfers à partir de données de génomique
* Appliquer le modèle statistique à des données réelles
* Assurer la veille scientifique (synthèse bibliographique) sur les thèmes du projet
* Participer à la vie scientifique de l'équipe, assister aux réunions hebdomadaires et y
présenter régulièrement les avancées des travaux.
* Diffuser et communiquer les résultats obtenus en participant à des conférences internationales et en les publiant dans des revues internationales à comité de lecture.
Contexte de travail :
Le poste s’inscrit dans le cadre d’un projet collaboratif de 4 ans financé par l’ ANR. Le consortium de recherche réunit deux laboratoires (EGCE à Gif-sur-Yvette et LBBE à Lyon) et implique 7 chercheurs ainsi que 5 postdoctorants et doctorants répartis sur différents volets du projet. Le poste de postdoctorat sera basé au laboratoire EGCE, qui fait partie de l’Institut Diversité, Écologie, et Évolution du Vivant (IDEEV). L’institut offre un environnement scientifique stimulant et dynamique, et est situé sur le nouveau campus de recherche de Paris Saclay, à 35 km au sud de Paris.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
La personne recrutée sera titulaire d’un doctorat en biologie évolutive théorique, ses compétences en statistiques, en programmation, en bio-informatique et en modélisation phylogénétique seront appréciées.
Contraintes et risques :