Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Au cours de l'assemblage du VIH-1, deux copies d'ARN génomique non épissé sont sélectivement emballées dans des virions à partir d'un mélange complexe d'ARN cellulaires et viraux épissés. Cette spécificité est déterminée par des signaux d'empaquetage agissant en cis (Ψ) dans la région non traduite 5' (5'UTR) de l'ARN viral, qui sont reconnus par la polyprotéine Pr55Gag. Les signaux d'empaquetage sont non seulement essentiels à la réplication virale, mais aussi à la conception de vecteurs lentiviraux, largement utilisés dans la thérapie génique, le développement de vaccins et les criblages CRISPR à l'échelle du génome. Ils constituent également une cible thérapeutique prometteuse, car le fait d'interférer avec l'empaquetage du génome pourrait inhiber la propagation virale tout en réduisant le risque de résistance.

Ce projet axé sur l'ARN visait à élucider les réarrangements structurels au sein de la région 5'UTR du VIH-1 qui régulent les étapes clés du cycle de vie viral, notamment la liaison Pr55Gag, l'empaquetage du génome et la transcription inverse. Forts de l'expertise acquise par le laboratoire, nous allons mener une analyse structurelle in vitro de l'ARN de la région 5'UTR du VIH-1 dans des transcrits non épissés et épissés, en présence ou en l'absence de cofacteurs ARN. Ces résultats seront validés dans des modèles cellulaires et viraux, et une étude de validation de principe évaluera le potentiel du ciblage des structures ARN de la région 5′UTR pour une intervention thérapeutique. Le projet sera principalement mené dans le laboratoire Smyth, avec des tests biophysiques sélectionnés soutenus par des collaborations internes de haute qualité.
Activités :
- Préparation et validation de clones moléculaires et génération de banques de gènes par mutagenèse aléatoire. Les clones moléculaires et les banques seront utilisés à la fois pour la transcription in vitro et la transfection dans des lignées cellulaires humaines.
- Préparation de banques de séquençage pour le séquençage Illumina et Nanopore. Le candidat (H/F) retenu convertira l'ARN en molécules compatibles avec le séquençage à haut débit en ajoutant des codes-barres et des adaptateurs de séquençage, puis purifiera les banques obtenues afin d'obtenir une qualité compatible avec différentes technologies de séquençage.
- Analyse bioinformatique du contenu séquentiel des banques d'ADN enrichies. En collaboration avec des bioinformaticiens, Le candidat (H/F) sera chargé d'analyser les données de séquençage à l'aide de pipelines bioinformatiques existants.
- Biologie moléculaire in vitro. Le candidat (H/F) effectuera une analyse structurelle de l'ARN du génome du VIH-1 à l'aide de sondes chimiques et d'expériences biophysiques en présence de cofacteurs, tels que les ASO et les tRNAlys3.
- Virologie. Le candidat (H/F) mènera des expériences de virologie sur le VIH-1 à l'aide de virus VIH-1 défectueux en réplication, en utilisant
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un doctorat récent en biologie moléculaire, biochimie ou virologie moléculaire.
- Excellence scientifique démontrée, étayée par des publications importantes (prépublications acceptées) dans le domaine.
- Expertise reconnue dans la synthèse et la manipulation de molécules d'ARN et connaissance des vecteurs lentiviraux, de la virologie ou, idéalement, de la biologie du VIH-1.
- Capacité à analyser de manière indépendante des données de séquençage à haut débit à l'aide de la bio-informatique. Bien qu'il/elle sera assisté(e) par des bio-informaticiens, Le candidat (H/F) doit posséder des compétences en analyse de données de séquençage, idéalement à l'aide de Python, mais d'autres formations dans d'autres langages de programmation appropriés sont acceptables.
Contraintes et risques :
Le ou la candidat(e) devra avoir une expérience en travaux sur l’ARN et en culture de cellules eucaryotes. Une grande précision et de bonnes compétences organisationnelles seront nécessaires pour la préparation de bibliothèques et la manipulation de la technologie Nanopore. Il/elle devra travailler avec le virus du VIH-1 infectieux en LSB3 et manipuler des Substances CMR (Cancérigènes, Mutagènes et Reprotoxiques) sous hotte chimique. Un équipement de protection individuelle approprié et une formation à la sécurité biologique seront fournis.