Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous recherchons un jeune chercheur (H/F) en géomicrobiologie (poste de niveau doctorat) à Marseille, en France, pour travailler sur le projet financé par la European Research Council Starting Grant « SIESTA : The Role of Microbial Dormancy as an Ecological and Biogeochemical Regulator on Earth ». Ce poste est supervisé par le Dr James Bradley (https://www.jbradleylab.com/). La personne recrutée travaillera avec ce chef de projet et participera aux expériences de laboratoire, à l'analyse des données, aux travaux de terrain et au sein d'une équipe comprenant des doctorants et du personnel technique. Les principaux objectifs de ce poste sont (1) de quantifier la prévalence de la dormance au sein de communautés microbiennes taxonomiquement et fonctionnellement diverses dans les environnements cryosphériques, et (2) d'identifier les déclencheurs et les échelles temporelles de la dormance dans ces communautés microbiennes. Ces données contribueront à des objectifs plus larges du projet, à savoir (3) établir un lien entre la dormance et l'émergence, la survie et l'évolution des populations microbiennes, et (4) comprendre le rôle de la dormance dans la régulation des cycles biogéochimiques.

Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un doctorat dans une discipline pertinente des sciences naturelles (par exemple, écologie microbienne, microbiologie environnementale). Le CDD est proposé pour une durée de 2 ans, renouvelable annuellement, sous réserve d'évaluations de performance satisfaisantes. La date de début prévue est prévue vers février 2026, et peut être ajustée en fonction des disponibilités du candidat et des exigences du projet.
Activités :
Le jeune chercheur (H/F) contribuera à différents aspects de recherche du projet :
• Étude/analyse des environnements cryosphériques (cryoconite, glace, sédiments, sol) et des microbiomes (expérimentaux et observationnels).
• Échantillonnage haute résolution de populations microbiennes naturelles (y compris travaux de terrain dans des régions arctiques reculées).
• Mesures de l'activité microbienne cellulaire spécifique à l'aide de marqueurs fluorescents, de cytométrie de flux et de tri cellulaire.
• Génération et analyses (bioinformatiques et statistiques) de données environnementales et microbiologiques, incluant des banques de séquençage d'amplicons, des métagénomes et des métatranscriptomes.
• Publication (en tant qu’auteur principal et co-auteur) dans des revues universitaires, participation à des conférences scientifiques et activités de vulgarisation.
• Collecte et catalogage des données en vue de leur dépôt et de leur archivage dans des référentiels de données.
Contexte de travail :
Le candidat retenu (H/F) travaillera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), à Marseille Luminy. Le MIO est un laboratoire de recherche en océanographie des universités d'Aix-Marseille, de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Il est intégré à l'OSU Pythéas. Ses
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Connaissances approfondies en écologie microbienne, dynamique des communautés/populations, biogéochimie, adaptation microbienne aux environnements extrêmes et écophysiologie microbienne.
• Compétences et expérience avérées dans divers domaines de la microbiologie (biologie moléculaire, microbiologie environnementale, omique/séquençage, physiologie/incubation/mesures d'activité et expériences).
• Compétences techniques et expérience en incubation microbienne, mesures d'activité/écophysiologie à l'échelle de la communauté et/ou de la cellule unique, métagénomique et/ou métatranscriptomique. De plus, la mesure de l'activité cellulaire spécifique, notamment par marqueurs fluorescents, cytométrie de flux et tri cellulaire (par exemple, BONCAT-FACS), est un atout.
• Compétences quantitatives en analyse de grands ensembles de données, par exemple pour intégrer des données biologiques/génomiques à des mesures biogéochimiques, ainsi que des modélisations/analyses biogéographiques, phylogénomiques, comparatives et de séries chronologiques (communauté ou population). • Compétences démontrées en analyses bioinformatiques et statistiques du microbiome et des données écologiques, y compris les données de séquençage.
• Compétences analytiques : écriture et exécution de code en R, Python, GitHub, etc., calcul haute performance.
• Excellentes compétences en communication orale et écrite en anglais.
• Capacité à travailler de manière autonome et flexible.
• Capacité à travailler en équipe.
• Antécédents de productivité en recherche.
• Connaissance des normes scientifiques ouvertes pour la recherche sur le microbiome (analyses reproductibles, préservation des métadonnées et dépôt de données publiques).
Contraintes et risques :
Voyages et travaux de terrain dans des environnements éloignés (glaciaires, arctiques) pour la collecte d'échantillons sur le terrain et participation à des réunions scientifiques pour la diffusion des résultats.