Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Mission principale La personne recrutée conduira des recherches en biologie computationnelle et bioinformatique, en étroite interaction avec des biologistes expérimentaux, afin d’analyser et d’intégrer des données single cell, multi omics et spatiales, et de développer des modèles permettant de décrypter la régulation génique médiée par les éléments rétrotransposables.


Activités :
• Analyse de données single cell multi omics (scRNA seq, scATAC seq, multiome) issues de cellules immunitaires et cérébrales.
• Intégration de données de transcriptomique spatiale et d’imagerie avec des atlas single cell.
• Analyses à l’échelle d’atlas et intégration de cohortes publiques et internes.
• Développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond pour l’étude de la régulation génomique et des éléments transposables.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake).
• Contribution à la rédaction d’articles scientifiques et à la valorisation des résultats.

Contexte de travail :
Le laboratoire développe un programme de recherche interdisciplinaire à l’interface entre biologie computationnelle, génomique fonctionnelle et immunologie. Les travaux portent sur le rôle des rétrovirus endogènes humains (HERVs) et autres éléments mobiles du génome dans la régulation de l’immunité humaine et des fonctions génomiques, en conditions physiologiques et pathologiques.
Les projets s’appuient sur des approches de pointe incluant le single cell et le spatial multi omics, l’intégration de cohortes à grande échelle, ainsi que le développement de modèles statistiques et d’apprentissage profond.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Connaissances • Bioinformatique et biologie computationnelle.
• Analyse de données single cell et multi omics.
• Statistiques, apprentissage automatique et/ou deep learning.
Savoir-faire • Excellente maîtrise de R et Python.
• Développement de code propre, reproductible et documenté.
• Utilisation d’outils de gestion de versions (git).
• Expérience avec des pipelines de calcul (Nextflow, Snakemake ou équivalent)
Aptitudes • Forte curiosité scientifique et autonomie.
• Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire.
• Rigueur scientifique, sens de l’organisation et esprit collaboratif.•

Contraintes et risques :
Fort environnement interdisciplinaire et collaboratif.
• Accès à des jeux de données à grande échelle (single cell, multi omics, spatial).
• Accès à des infrastructures de calcul intensif (HPC).
• Laboratoire situé au centre de Paris, avec un environnement de travail attractif.