Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Développer un modèle épidémiologique à compartiment et établir des scénarios de simulations à tester pour évaluer l’impact du priming immunitaire des huîtres creuses sur la dynamique de transmission du virus OsHV-1.
Activités :
- Développer des modèles épidémiologiques (compartimentaux, individu-centrés, ou spatialisés) pour simuler la dynamique de transmission du virus OsHV-1 chez M. gigas à partir des modèles déjà disponibles.
- Intégrer le priming immunitaire dans les modèles, en tenant compte de son effet sur la susceptibilité, l’infectiosité et la progression de la maladie.
- Analyser les données expérimentales, en collaboration avec les biologistes, pour paramétrer et calibrer les modèles.
- Réaliser des simulations numériques pour explorer différents scénarios d’intervention et évaluer leur impact épidémiologique à différentes échelles (individu, lot, par cet bassin ostréicole).
- Valider et évaluer la robustesse des modèles, y compris via des analyses de sensibilité et d'incertitude.
Contexte de travail :
Dans le cadre de la lutte contre la maladie virale à herpèsvirus (OsHV-1) affectant les huîtres creuses Magallana gigas, nous cherchons à évaluer l’efficacité d’interventions prophylactiques innovantes et en particulier le priming immunitaire (ou simulation antivirale). L’objectif est de quantifier l’impact de cette approche sur la dynamique de transmission du virus à l’échelle individuelle et populationnelle, en s’appuyant sur des outils de modélisation épidémiologique. Cette évaluation contribuera à mieux orienter les stratégies de gestion sanitaire en conchyliculture

La personne recrutée participera au projet ANR Primoyster. Il/elle sera impliqué(e) dans le Work Package 3, intitulé « Impact du priming immunitaire sur la dynamique des maladies ». La personne recrutée sera principalement basé(e) à La Tremblade (ASIM). Il/elle devra se rendre à Montpellier pour échanger avec les partenaires de l'ANR et de l'IHPE.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Savoirs / connaissances
- Concepts fondamentaux en épidémiologie des maladies infectieuses.
- Méthodes de modélisation mathématique et computationnelle (compartimentale, individu-centrée, spatiale).
- Statistiques appliquées à l’analyse de données biologiques et épidémiologiques.
- Bases en immunologie, virologie et pathologies des organismes aquatiques serait un plus.
- Langages et outils de programmation scientifique : R, Python, ou équivalent.
- Techniques d'ajustement et de calibration de modèles (ex. MCMC, ABC, optimisation).
- Méthodes d’analyse de sensibilité et d’incertitude.
- Environnement de recherche collaboratif (ex. Git, rédaction scientifique).

Savoir-faire
- Construire, implémenter et analyser des modèles épidémiologiques complexes.
- Adapter les modèles à des jeux de données expérimentales ou de terrain.
- Interpréter les résultats des simulations dans un cadre biologique réaliste.
- Automatiser des chaînes d’analyse et de simulation reproductibles.
- Visualiser des dynamiques spatio-temporelles (cartes, courbes, animations).
- Rédiger des documents techniques et des publications scientifiques.
- Collaborer avec des équipes pluridisciplinaires.
- Présenter des résultats de manière claire à des publics variés (scientifiques, gestionnaires, professionnels).

Savoirs-être
- Rigueur scientifique et esprit critique.
- Autonomie dans l’organisation du travail et la résolution de problèmes.
- Capacité à vulgariser et adapter son discours selon l’audience.
- Esprit d’initiative et force de proposition.
- Goût pour le travail en équipe et la co-construction.
- Adaptabilité face à des projets évolutifs et des données parfois incertaines.
Contraintes et risques :
Laboratoire expérimental de sécurité microbiologique de niveau 2 avec port obligatoire des équipement de protection.
Travail sur écran.