Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne recrutée aura comme première mission d’assurer l’organisation, le stockage et le partage des données des projets ALIQUOT et DIET. Cela concerne principalement des données de séquençage (eg. Illumina et Nanopore) mais aussi des données de terrain. Sur ce second aspect, la personne recrutée interagira avec d’autres initiatives nationales sur le partage et la standardisation des données d’écologie moléculaire (OneWater PC8, PatriNat).

La deuxième mission concerne la construction de pipelines bioinformatiques pour l’analyse de données en génomique environnementale (principalement métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique). La personne recrutée aura en charge la mise en place et la mise à disposition de ces pipelines suivant les principes FAIR. Ce travail se fera en grande partie en soutien de l’activité des doctorant.es et post-doctorant.es des projets ALIQUOT et DIET. La personne recrutée sera aussi chargée de la mise en place d’un pipeline de préparation automatisé et versionné de bases de données de références taxonomiques moléculaires.

Activités :
- Responsable de la gestion de données de séquençage (formatage, métadonnées, stockage, soumission à des bases de données publiques)
- Responsable de la construction, harmonisation et optimisation de pipelines bioinformatiques
- Accompagnement et formation des membres des projets ALIQUOT et DIET vers la FAIRisation des données et procédures bioinformatiques
- Soutien aux analyses de bioinformatique en génomique environnementale : basecalling, data mining, assemblage, annotation, assignation…
- Participation à l’animation des projets ALIQUOT et DIET
- Participation à l’évolution des Plans de Gestion de Données des projets ALIQUOT et DIET

Contexte de travail :
Ce poste s’inscrit dans les objectifs de deux projets : le projet ALIQUOT et le projet DIET.

Le projet ALIQUOT est lauréat en 2023 du 1er appel à projet du Programme National de Recherche Exploratoire OneWater - Eau Bien Commun. Lancé en Mars 2022, ce programme financé par le plan France 2030 (53M€) vise à développer les connaissances dans le domaine de l’eau pour changer de paradigme et réhabiliter l’eau comme bien commun. Le projet ALIQUOT vise à mieux comprendre la dynamique des ADN environnementaux en milieux aquatiques pour mieux les utiliser comme des sentinelles de la diversité et du fonctionnement des socio-hydrosystèmes. Le projet regroupe un consortium national de 10 laboratoires et implique plusieurs thèses et post-doctorats dans un environnement collaboratif.

Le projet DIET, financé par l’ANR, étudie l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition des litières de feuilles, un processus clef du fonctionnement des milieux aquatiques (https://shorturl.at/yqHet). Pour cela, des approches de métagénomique long-reads et d’isotopie sont développées pour caractériser le rôle de ces communautés microbiennes digestives dans le proce
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Très bonne maîtrise des outils de construction de pipelines bioinformatiques reproductibles
- Bonne maîtrise des outils de bioinformatique pour la génomique environnementale
- Très bonnes compétences organisationnelles afin de mener à bien plusieurs projets en parallèle
- Bonnes compétences de communication, de restitution, de formation et de travail en équipe
- Des connaissances en écologie moléculaire et en hydrobiologie ne sont pas nécessaires mais sont un plus.
- Des profils exclusivement “bio-informatiques” sont en adéquation avec ce poste.

Contraintes et risques :
- Mobilité (environ 4 déplacements par an de quelques jours)
- Interactions avec de nombreuses personnes en doctorat et post-doctorat
- Travail sur deux projets en parallèle