L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli-e au sein de l’UMR1436 INRAE/ENVT INTHERES située sur le site de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse. Cette unité de recherche est dédiée à la recherche sur les innovations thérapeutiques pour la réduction et l’optimisation des usages des antibiotiques et des antiparasitaires. 

Vous travaillerez au sein de l’équipe «Thérapeutiques individualisées», sous la supervision scientifique de Noslen Hernandez Gonzalez, dans le cadre du projet européen EUPAHW – SOA34. Cette action, intitulée « Digitally assisted monitoring technologies on farms for precision management of animal health and welfare », vise à développer et à valider des technologies numériques de suivi des animaux en élevage pour améliorer l’évaluation et la gestion de leur santé et de leur bien-être.

Votre travail s’inscrira dans une collaboration avec l’unité NuMeA (INRAE-UPPA), visant à identifier des indicateurs comportementaux précoces du bien-être et de la robustesse chez la truite arc-en-ciel. Il portera sur le développement et l’application de méthodes d’analyse vidéo du comportement de jeunes truites, à partir de vidéos acquises lors d’un test comportemental individuel standardisé réalisé sur des poissons issus d’une condition contrôle sans enrichissement ou de différentes conditions d’enrichissement. Vous contribuerez à l’ensemble de la chaîne d’analyse, du prétraitement des vidéos au suivi individuel des poissons, à la reconstruction des trajectoires, à l’extraction de variables comportementales et à leur analyse statistique.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Analyser et prétraiter les vidéos expérimentales disponibles.
• Développer ou adapter des méthodes de détection et de suivi individuel des poissons par vidéo.
• Reconstruire les trajectoires et extraire des variables comportementales quantitatives.
• Analyser des indicateurs tels que l’activité, la vitesse, les distances parcourues, l’utilisation de l’espace, les transitions entre zones, la latence et l’intensité de la réponse à un stimulus, ainsi que les dynamiques comportementales post-stimulus.
• Évaluer la robustesse et la reproductibilité des mesures obtenues.
• Contribuer aux analyses statistiques et à l’identification de signatures comportementales associées aux différentes conditions expérimentales et de marqueurs candidats du bien-être et de la robustesse.

Formation recommandée : Diplôme de master 2 ou d’ingénieur avec une spécialisation en analyse d’images, vision par ordinateur, traitement du signal ou science des données, et un intérêt pour les applications en biologie et en comportement animal.

Connaissances souhaitées : 

• Programmation en Python.
• Traitement et analyse d’images et de vidéos.
• Méthodes de détection, de suivi individuel et de reconstruction de trajectoires.
• Analyse de données et statistiques.
• Connaissances en apprentissage automatique et en vision par ordinateur.

Expérience appréciée :  Une expérience en analyse vidéo et en vision par ordinateur, notamment pour la détection, le suivi d’objets ou l’analyse de trajectoires, serait particulièrement appréciée. Une expérience en analyse statistique de données et la capacité à interpréter les résultats dans leur contexte biologique constitueraient également des atouts.

Aptitudes recherchées :

• Rigueur et capacité d’organisation.
• Autonomie dans la conduite du travail et la résolution de problèmes méthodologiques.
• Capacité à travailler en équipe et en collaboration dans un environnement interdisciplinaire.
• Capacité à synthétiser les résultats et à les présenter lors des réunions du projet.
• Maîtrise de l’anglais technique et scientifique.