Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
L’Ingénieur recruté· jouera un rôle central dans la stabilisation de l’outil, structuration de l’évaluation, packaging, documentation, mise en conformité FAIR, et contribution directe à la rédaction scientifique (manuscrit, figures, supplément). En parallèle, il/elle posera les fondations méthodologiques et logicielles de l’alignement cross-modality entre cartes transcriptomiques et métabolomiques (géométrie, résolution, voisinages, correspondances probabilistes)..
Activités :
- Finalisation de SpacePath : consolidation du code (refactoring, tests, packaging), optimisation/robustesse, API/CLI, documentation et tutoriels, workflows reproductibles (conda/containers, notebooks).

- Évaluation et validation : protocole de benchmarking (baselines, ablations, métriques), analyses de robustesse, production des figures et suppléments “publication-grade”.
Publication et dissémination : contribution majeure au manuscrit (Méthodes/Résultats), préparation des dépôts (code, documentation, éventuellement jeux de données démo) et matériel de diffusion.

- Démarrage de l’alignement spatial transcriptomique–métabolomique : définition de la stratégie (géométrie multi-échelle, correspondances probabilistes/graphes/OT), prototypage et preuve de concept sur un ou deux couples de jeux de données.
Contexte de travail :
Le/la candidat·e rejoindra l’équipe Computational Biology & Bioinformatics de l’IBGC (CNRS, Bordeaux), dirigée par Dr Macha Nikolski, dans un environnement fortement interdisciplinaire autour des omiques spatiales et de l’oncobiologie, avec interactions régulières avec les partenaires expérimentaux et les porteurs de jeux de données (équipe de Dr. Thomas Daubon).
Ce poste s’inscrit dans un objectif méthodologique suivant : finaliser le développement, la validation et la publication de SpacePath, un cadre d’analyse des données de métabolomique spatiale (et dérivés), puis initier un axe stratégique d’alignement spatial transcriptomique–métabolomique pour étudier l’architecture tumorale et la plasticité métabolique (notamment en glioblastome).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Expertise confirmée dans l’analyse de données spatiales, en particulier métabolomiques
- Expertise confirmée en bioinformatique / biostatistiques avec expérience de projets logiciels de recherche.
- Très bonne maîtrise de Python (et/ou R si complémentaire), bonnes pratiques (tests, packaging, performance, profiling).
- Solide base en statistiques (clustering, réduction de dimension, modèles multi-vues).
- Expérience en gestion de pipelines et reproductibilité (snakemake/nextflow apprécié, conda, containers).
- Capacité à produire des résultats “publication-grade” : figures, suppléments, traçabilité.

Atouts:

- Familiarité avec l’intégration multi-omique (MOFA+ ou approches apparentées, graph-based integration, OT).
- Expérience en microenvironnement tumoral / immunologie tumorale / GBM (appréciée mais non obligatoire).

Savoir-être:
- Autonomie forte, rigueur scientifique
- Excellente communication avec des profils mixtes (bioinfo / biologie / clinique)
- Anglais écrit et oral indispensable (rédaction d’articles, documentation): niveau C2 du cadre européen commun de référence pour les langues (CECRL)
Contraintes et risques :