Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Galaxy (galaxyproject.org) est une plateforme ouverte et collaborative qui rend l’analyse bioinformatique accessible, reproductible et transparente. Elle permet d’accéder à des outils de bioinformatique, initialement prévus pour la ligne de commande ou le scripting, via une interface web conviviale, sans prérequis en langage de programmation ou ligne de commande. UseGalaxy.fr est l’instance nationale de Galaxy en France (3500 utilisateurs actifs, 6M de jobs), opérée par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB, www.ifb-elixir.fr). Il s’agit d’une ressource centrale, qui a vocation à rassembler différentes instances thématiques ou locales. Ainsi, cette initiative permet de fédérer les efforts sur la maintenance et le support. UseGalaxy.fr est géré de manière collaborative et ouverte via un ensemble de dépôts GitLab et l’usage de robots d’Intégration Continue (CI) (Gitlab CI, Ansible).
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR3601). GenOuest est une des plateformes membres de l’IFB, contribuant notamment au pilotage du projet UseGalaxy.fr.
Dans le cadre du programme de recherche “Bioproductions (B-BEST)” (projet ciblé “Galaxy-BioProd”), GenOuest recrute un ingénieur développeur - DevOps (H/F). La personne recrutée aura pour principale mission de contribuer au développement, à l’évolution, au déploiement et au maintien en condition opérationnelle de UseGalaxy.fr. Elle sera aussi en contact avec les utilisateurs finaux pour leur apporter solutions et assistances (helpdesk). Enfin, elle prendra part aux initiatives de collaboration à l’échelle européenne autour de la Communauté Galaxy ELIXIR (ex: contribution au réseau européen de calcul Pulsar, participer à la communauté UseGalaxy.*, ...).
Activités :
Activités principales
- Piloter ou participer à l’évolution de l’instance : mise à jour, évaluation et implémentation des nouvelles fonctionnalités …
- Administrer de l’instance usegalaxy.fr : installation d’outils, banques, gestion des quotas, débogage ...
- Assurer une veille technologique.
- Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet Galaxy
- Participer ou prendre en charge aux portages d’outils (wrapping) sous Galaxy
- Participer ou prendre à la création de packages Conda:

Activités associées :
- Présenter ses activités : webinars, réunions de travail en visio et en présentiel.
- Participer à l’assistance et au support utilisateur.
- Participer à l’organisation et à la réalisation de formations à l’utilisation des solutions mises en place

Contexte de travail :
Le poste est rattaché à la plate-forme GenOuest, au sein du laboratoire de recherche informatique IRISA à Rennes. La plate-forme GenOuest est membre de l’Institut Français de Bioinformatique. Implantée dans la communauté bioinform
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Maîtrise du langage Python en environnement Linux
- Maîtrise des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.).
- Maîtrise des technologies web (JavaScript, API REST)
- Connaissance et pratique de l'intégration continue, la distribution continue et le déploiement continu
- Connaissances des outils et technologies associées (GitLab CI, Docker, Ansible).
- Connaissances de base en systèmes de calcul HPC (Slurm, …)
- Bonne connaissance des solutions de conteneurisation et de gestion d’infrastructures pour applications conteneurisées.
- Bonne connaissance des environnements Linux (Ubuntu…).
- Notions générales en architecture système et réseau .
- Sensibilisé-e à la sécurité informatique
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir rédiger des documentations
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Capacité à travailler à distance au sein d’une équipe distribuée.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
- Esprit d’équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d’écoute et sens du contact.
- Capacité à apprendre et se former en continu dans un contexte scientifique en évolution rapide.
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contraintes et risques :