Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
ATLASea est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s'intègre dans un large contexte international. ATLASea va séquencer les génomes de 4500 espèces le long du littoral français en métropole et en outre-mer. Le programme s'étendant sur 8 ans, va échantillonner la biodiversité marine sous la coordination du MNHN à travers des expéditions et avec l'aide des stations marines. Le séquençage et l'assemblage des génomes sont réalisés au Genoscope sous la coordination de France Génomique, et les données sont gérées et analysées sous la coordination de l'Institut Français de BioInformatique (dans le cadre du projet BYTE-SEA). Des projets pilotes coordonnés par l'ANR proposeront à la communauté scientifique française d'exploiter ces données massives dans le contexte de l’analyse et de la synthèse de molécules marines, de l'écologie des espèces invasives, et de l'innovation.
En tant que partenaire du projet BYTE-SEA, dédié à la mise en place de l’infrastructure informatique du PEPR ATLASEA, la plate-forme GenOuest recrute un ingénieur développeur (H/F) pour contribuer au développement d’un système automatisé de création de portails web dédiés à l’exploration des données génomiques produites par le projet.
L'ingénieur développeur interviendra sur des pipelines d’intégration continue, sur des workflow de traitement et de validation de données, et sur l’intégration d’applications web existantes ou à créer. Il aura pour mission d’assurer le passage à l’échelle des solutions retenues pour l’intégration de plusieurs milliers de génomes. Enfin, il prendra une part active aux collaborations à l’échelle nationale et internationale dans le cadre du projet en participant activement aux réunions et ateliers.
Activités :
Activités principales :
- Contribuer au développement du logiciel BEAURIS (https://gitlab.com/beaur1s)
- Assurer la maintenance et l’évolution des modules existants
- Intégrer de nouveaux modules de pré-traitement de données
- Intégrer de nouveaux composants web de visualisation de données
- Assurer la diffusion des données générées en respectant les principes FAIR et ceux de la science ouverte
- Assurer l’interconnexion avec des bases de données externes
- Assurer le passage à l’échelle (calcul, interfaçage web) de la solution existante pour plusieurs milliers de génomes
- Diffuser et valoriser des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales
- Assurer une veille technologique
- Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet ATLASea et des projets internationaux partenaires (Earth BioGenome Project)

Activités associées :
- Présenter ses activités : webinars, réunions de travail en visio et en présentiel.
- Participer à l’assistance et au support utilisateur.
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Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Maîtrise du langage Python en environnement Linux
- Maîtrise des technologies web (JavaScript, API REST)
- Connaissance et pratique de l'intégration continue, la distribution continue et le déploiement continu
- Connaissances des outils et technologies associées (GitLab CI, Docker, Ansible).
- Connaissances de base en systèmes de calcul HPC (Slurm, …)
- Culture du domaine (bioinformatique, génomique)
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir rédiger des documentations
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Capacité à travailler à distance.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
- Esprit d’équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d’écoute et sens du contact.
- Capacité à apprendre et se former en continu dans un contexte scientifique en évolution rapide.
- Compétences dans les méthodes de développement et d’intégration continue
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contraintes et risques :