Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Dans le cadre du projet régional VIP-BZH (cofinancé par l’ANR DIVCLIM), l’ingénieur·e recruté·e apportera son expertise scientifique, technique et analytique à la conduite d’analyses bioinformatiques et omiques visant à évaluer la diversité génétique, la résilience écologique et les capacités d’adaptation de la vipère péliade (Vipera berus) face au changement climatique.
Sous la responsabilité scientifique du porteur de projet et en interaction avec les plateformes (EcogenO, EcoChim) et les partenaires du projet DIVCLIM, l’IR assurera :
• Le pilotage et le suivi de l’acquisition et du traitement des données génomiques, transcriptomiques et métabolomiques.
• La structuration et l’analyse bioinformatique des données issues de séquençages haut débit.
• La gestion, la documentation, l’archivage et la valorisation des données générées.
Activités :
• Planifier et coordonner les campagnes d’échantillonnage de terrain en Bretagne, en lien avec les partenaires locaux habilités.
• Préparer les échantillons (extraction ADN/ARN, QC) pour le séquençage et la métabolomique selon des protocoles établis.
• Développer et exécuter les pipelines bioinformatiques pour l’analyse de données de séquençage (diversité génétique, structure de population, RNAseq, etc.).
• Réaliser les analyses statistiques des données omiques (génomique, transcriptomique, métabolomique).
• Etablir et maintenir une base de données structurée des résultats et métadonnées associées.
• Participer à l’interprétation des résultats dans un cadre évolutif et éco-physiologique.
• Contribuer à la valorisation des résultats scientifiques (rapports, présentations, publications).

Contexte de travail :
La personne recrutée intégrera l’UMR CNRS 6553 ECOBIO (https://ecobio.univ-rennes.fr/en/), laboratoire reconnu en écologie évolutive, fonctionnelle et comportementale. Elle collaborera avec les plateformes PEM et EcogenO (analyses moléculaires) ainsi qu’EcoChim (analyses métabolomiques). Elle interagira étroitement avec les partenaires scientifiques du projet DIVCLIM (ANR 2024-2028) et les acteurs bretons de la conservation.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Doctorat requis (écologie évolutive, biologie des populations, bioinformatique ou domaine connexe).
• Expérience confirmée en bioinformatique appliquée aux données de génomique haut débit.
• Maîtrise des outils et environnements d’analyse de données génétiques (R, bash, Python, Galaxy, etc.).
• Compétences souhaitées en biologie moléculaire ou biochimie (extraction d’ADN/ARN, PCR, QC).
• Compétences en statistiques et traitement de données omiques.
• Rigueur scientifique, capacité à organiser, documenter, capitaliser et valoriser les résultats.
• Bon relationnel et capacité à interagir dans une équipe multidisciplinaire.
• Bonne maîtrise de l’anglais écrit et oral (rapports, publications, présentations).
• Une expérience en herpétologie serait un plus.
Contraintes et risques :
Le ou la candidat·e doit avoir réalisé 18 mois de recherche hors de France entre le 1er mai 2021 et le début du contrat.