Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le poste d’ingénieur d’études en Bioinformatique (H/F) est d'une durée de 8 mois et le sujet de recherche porte sur l’analyse transcriptomique spatiale de modèles organoides et des déterminants métaboliques de l'adaptation au stress des cellules souches de glioblastome.
Activités :
Développer et optimiser des workflows pour analyses transcriptomiques, métagénomiques/méta transcriptomiques, maîtriser des workflows d'analyse RNA-seq et single-cell (scRNA-seq, scATAC-seq), phylogénie et analyses comparatives, et réaliser des enrichissements fonctionnels avec interprétation biologique.
L'accès aux nutriments représente une nécessité vitale pour toutes les cellules, tumorales ou saines. De nombreuses études ont montré que les cellules tumorales sont capables de reprogrammer leur métabolisme afin de parvenir à survivre aux différents stress présents dans le microenvironnement tumoral. Ainsi, les pressions métaboliques imposées par ce microenvironnement engendrent certaines dépendances métaboliques et vulnérabilités des cellules tumorales qui peuvent être exploitées au niveau thérapeutique. L'objectif général de ce projet est d'étudier et de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires mis en place par les cellules tumorales afin de mieux tolérer et survivre. D'un point de vue fondamental, ce projet cherche à identifier des mécanismes moléculaires gouvernant l'adaptation des cellules tumorales de GBM aux différents types de stress. D'un point de vue translationnel, ce projet permettra de révéler de nouveaux biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement des GBMs.
Contexte de travail :
Le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) est un centre de renommée internationale dédié à la recherche innovante en oncologie. Composé de plus de 600 chercheurs et cliniciens, le CRCL se consacre à comprendre les mécanismes du cancer et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Vous travaillerez dans un environnement scientifique international dédié à la recherche sur le cancer, grâce à la présence des 24 équipes de recherche et des 12 plateformes technologiques présentes sur le site.
Les candidats intéressés doivent fournir un curriculum vitae détaillant leur formation/l'expérience, les compétences pratiques et théoriques ainsi qu'une liste complète de publications, une lettre de motivation, ainsi que les coordonnées d'au moins deux référents académiques.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Le candidat doit être titulaire d'une licence en bioinformatique et biostatistique. Il/elle doit faire preuve d'une grande motivation, d'un très bon esprit d'équipe, de créativité et d'indépendance d'esprit. Un excellent niveau d'anglais (écrit/oral) est souhaité. Il/elle doit développer et optimiser des workflows pour analyses métagénomiques/méta transcriptomiques, maîtriser des workflows d'analyse RNA-seq et single-cell (scRNA-seq, scATAC-seq), phylogénie et analyses comparatives, et réaliser des enrichissements fonctionnels avec interprétation biologique.
Contraintes et risques :