Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
L'ingénieur développera, en Julia et Python, un pipeline modulaire pour analyser et scorer les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs), en intégrant des méthodes évolutives et de deep-learning afin d’identifier les conformations et interactions biologiquement pertinentes ; il/elle assurera également la gestion complète des données générées (collecte, structuration FAIR, documentation) et publiera le code en open-source.
Activités :
- Développer et maintenir un code Julia/Python avec tests unitaires et intégration continue ;
- Implémenter des modèles de deep-learning sur graphes pour le scoring des IDPs ;
- Constituer et documenter des jeux de données conformes aux principes FAIR ;
- Exploiter les clusters CPU/GPU de l’institut et les infrastructures nationales HPC ;
- Rédiger documentation, rapports techniques et publications.
Contexte de travail :
Le poste est intégré à l’équipe AMIG – Assemblages Moléculaires et Intégrité du Génome – de l’I2BC (Institute for Integrative Biology of the Cell), qui comprend une composante wet-lab et une composante dry-lab ; l'ingénieur exercera dans cette dernière. L’environnement dispose de clusters CPU/GPU locaux ainsi que d’un accès aux supercalculateurs nationaux. La personne recrutée évoluera dans un écosystème interdisciplinaire à l’interface de la biologie structurale, de l’informatique et de l’IA, en interaction étroite avec les partenaires du réseau COST ML4NGP. Ses travaux contribueront directement aux objectifs scientifiques du projet ANR SPPICES (Scoring and Predicting Protein Interactions and Conformations based on Evolutionary Signals), visant à éclairer la dynamique conformationnelle et les interactions protéiques impliquant des régions désordonnées.
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay. Le poste est basé sur le site de Gif-sur-Yvette.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Solide pratique de Julia (ou forte motivation à l’acquérir) et bonne maîtrise de Python ;
- Développement logiciel scientifique : Git, tests, CI, conteneurs ;
- Connaissances en bioinformatique structurale et modélisation ;
- Autonomie, sens de l’organisation, travail en équipe ;
- Anglais scientifique niveau B1-B2 (CECRL)
Contraintes et risques :