Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Étude de la discordance dans les inférences phylogénétiques.
Le registre fossile fournit des informations essentielles sur l'évolution et sur les phénomènes de diversification passés. Plusieurs développements méthodologiques récents ont permis d'intégrer directement les espèces fossiles dans la reconstruction des arbres phylogénétiques, fournissant ainsi des estimations plus précises de l'âge des événements évolutifs ainsi que des taux de spéciation et d'extinction au cours du temps. Cependant, les méthodes actuelles ne prennent pas en compte de nombreuses caractéristiques des échantillons fossiles par rapport aux espèces actuelles. En particulier, il est généralement impossible d'obtenir des séquences génétiques pour les fossiles, donc leur intégration dans les inférences phylogénétiques repose sur des caractères morphologiques. Combiner des informations moléculaires et morphologiques dans une même inférence pose un certain nombre de défis.
Ce projet de doctorat vise à explorer un défi particulier : la présence de discordance entre les informations morphologiques et moléculaires, c'est-à-dire une situation où ces deux sources d'information mènent à des arbres phylogénétiques différents. La discordance peut par exemple résulter de l'évolution convergente, où un même phénotype se développe indépendamment dans différents clades, donnant alors l'impression qu'elles sont plus proches dans l'évolution qu'elles ne le sont réellement.
Le projet s'articulera autour de deux axes principaux :
1) Simulation de jeux de données avec discordance : cette partie du projet vise à décrire et explorer les processus sous-jacents menant à la discordance, à l'aide de modèles de l'évolution. Les jeux de données simulés seront ensuite utilisés pour évaluer la présence de discordance dans des jeux de données empiriques.
2) Etude de l'effet de la discordance sur l'inférence phylogénétique : cette partie du projet étudiera l'impact de la discordance sur les méthodes actuelles d'inférence phylogénétique et déterminera si les inférences réalisées à partir de données discordantes sont fiables ou sujettes à des erreurs liées à cette discordance. Le projet explorera ensuite de nouvelles avancées méthodologiques permettant de prendre en compte la discordance et de corriger les effets observés.
Activités : Nous recherchons un·e doctorant·e ayant un fort intérêt pour les processus évolutifs et de bonnes compétences en informatique. Une expérience en programmation est requise, et la connaissance des langages de programmation R ou Java sera un plus. Une expérience préalable en phylogénétique constituera un atout, mais n'est pas obligatoire. Le ou la candidat·e devra avoir de bonnes compétences en communication (orale et écrite) en anglais, et être capable de travailler en équipe dans le cadre de projets pluridisciplinaires.
Contexte :
Le ou la doctorant·e sera supervisé·e par Joëlle Barido-Sottani et travail
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Des déplacements en France et à l’international sont à prévoir pour des conférences et visites scientifiques.