Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Les tumeurs tératoïde/rhabdoïde atypiques (AT/RT) sont des tumeurs pédiatriques agressives qui se manifestent dans le système nerveux central chez les très jeunes enfants. Elles sont causées par des mutations dans le gène suppresseur de tumeur SmarcB1 qui code pour une protéine du complexe de remodelage de la chromatine SWI/SNF. Les tumeurs AT/RT sont caractérisées par des modifications importantes de l’épigénome et du métabolisme cellulaire. L’objectif du projet de thèse est de caractériser la dynamique d’évolution de l’épigénome au cours du temps dans un modèle AT/RT basé sur la perte de fonction de SmarcB1 couplée à des altérations métaboliques dans les organoïdes cérébraux humains, en utilisant des approches computationnelles intégratives. Le ou la doctorante sera chargé de préparer les échantillons pour les analyses épigénomiques (ATAC-Seq, Cut&Run) et de réaliser les analyses computationnelles. Elle ou il sera intégré à deux équipes de recherche, l’une basée au CRCT pour la partie computationnelle (https://www.crct-inserm.fr/annuaire/vera-pancaldi/) et l’autre basée au CBI pour la partie expérimentale (https://cbi-toulouse.fr/equipe/davy/).
Nous recherchons un candidat ou une candidate titulaire d'un Master en biologie/bioinformatique très motivé(e), autonome et rigoureux(se). Une expertise en analyses computationnelles de l’épigénome est nécessaire et une première expérience en culture cellulaire serait un plus, ainsi qu’une familiarité avec les concepts de modélisation mathématique. Une capacité à communiquer à l’oral et à l’écrit en Anglais est indispensable afin de présenter les résultats dans le cadre du consortium PEPR Cell-ID ou d'autre évènements scientifiques.
Contexte :
Le ou la doctorante sera co-dirigée par Vera Pancaldi (CRCT INSERM) pour la partie computationnelle et par Alice Davy (CBI CNRS) pour la partie expérimentale. Le Centre de Biologie Intégrative (CBI) est l’un des sites majeurs de la recherche fondamentale en Biologie à Toulouse, il est situé sur le campus Rangueil de l’Université de Toulouse. Le Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse (CRCT) est un pôle de recherche majeur en cancérologie, il est situé sur le site de l’Oncopôle. Les deux instituts sont facilement accessibles par transport en commun.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
- Possibilité d’astreintes pour la culture cellulaire le week end et les jours fériés (maximum un jour par mois)