Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Le but de cette thèse multidisciplinaire est de comprendre les interactions et la dynamique de plusieurs virus en interaction dans une population hôte dont les générations se succèdent. L'ambition est de mieux comprendre les interactions entre les virus en partant d'un modèle structuré à  l'échelle de la population hôte. Les paramètres d'un modèle hôtes peuvent être plus facilement calibrés et mesurés qu'un modèle directement à  l'échelle des pathogènes. L'étude mathématique sera complétée par l'étude d'un cas particulièrement adapté : les fermes d'insectes.

Ces microcosmes présentent un intérêt pour l'étude des dynamiques multi-virus car il est possible d'expérimenter à  grande échelle les facteurs faisant basculer l'évolution des populations virales vers un phénomène épidémique. Les populations d'insectes sont suffisamment abondantes pour justifier des modèles en densité et les générations se succèdent suffisamment rapidement pour découpler les échelles de la dynamique de la maladie (pathologie) et de l'évolution des pathogènes.

Cette thèse comporte trois volets principaux.

Un premier objectif théorique est de définir efficacement des indices décrivant bien la diversité écologique d'un système donné dans toute la variété des dynamiques possibles. Il s'agira ainsi d'étendre la description au cas des dynamiques plus complexes, que l'on sait être commune pour certains régimes des paramètres épidémiologiques moyens.
En particulier, l'utilisation des graphes d'invasion permettra de proposer de nouvelles mesures de diversité adaptées et de décrire finement les situations les plus complexes.


Un deuxième objectif théorique est d'utiliser ces outils descriptifs, afin d'adapter à  notre situation les outils bien développés dans les systèmes de Lotka-Volterra généralisés de grande taille. Une attention particulière sera portée à  l'influence des paramètres épidémiologiques sur la diversité microbienne.

En parallèle un troisième objectif empirique confrontera ces travaux théoriques aux données biologiques. La doctorante bénéficiera de données qualitatives et quantitatives sur la diversité virale au sein de fermes d'insectes obtenues en collaboration de l'IRBI. Elle pourra donc tester les hypothèses de son modèle, vérifier ses résultats numériques et théoriques sur les jeux de données, et également proposer des expériences spécifiques afin de valider ou invalider les résultats théoriques.
Diplôme requis : Etre titulaire d'un Master recherche en mathématiques appliquées (statistique, probabilité, systèmes dynamiques ou disciplines proches).
Compétences requises :
(i) compétences théoriques en modélisation et inférence statistique;
(ii) Connaissances fondamentales en étude qualitative des systèmes d'équations différentielles.
(iii )maîtrise de l'un des langages de programmation suivants: R, Python.
Compétences souhaitées : expérience en inférence bayésienne, systèmes
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :