Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Implémentation et utilisation de méthodes d'analyse de données RNA-seq et RIP-seq pour étudier les fonctions des lncRNA de plantes.

Activités :
- Mettre en place des pipelines d'analyse de données NGS (RNA-seq et RIP-seq)
- Comparer des données transcriptome/RIP-seq inter-espèces
- Analyser les résultats en termes de fonctions évolutivement conservées
- Assurer le respect des principes FAIR des procédures informatiques
Contexte de travail :
Dans le cadre d'un projet financé par l'ANR avec l'Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), nous étudions les fonctions des lncRNA végétaux au niveau moléculaire (role dans l'épissage, fixation aux protéines) et biologique (role dans la resistance à la sécheresse). A cette fin, nous disposerons de données RIP-seq pour plusieurs lncARN et RNA-seq, ceci pour 10 espèces de plantes. Nous utiliserons des méthodes bioinformatiques conventionnelles, mais également des méthodes par k-mers pour étudier la conservation de motifs de reconnaissances dans des régions globalement non conservées.

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Connaissances en biologie des ARN de niveau doctoral indispensables
- Outils et concepts bioinformatiques d'analyse NGS (genome/transcriptome/interactome)
- Maîtrise des langages Python et R
- Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow
- Bonnes pratiques de bioinformatique
- Anglais niveau B1
- Sens du relationnel et de la communication
- Curiosité, dynamisme,
- Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.
Contraintes et risques :
Travail sur poste informatique