Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le projet vise à étudier la progression des lignages et les mécanismes guidant la diversification neuronale au cours du développement du système nerveux humain.
Le projet s’appuiera sur des modèles d’organoïdes développés par notre laboratoire ainsi que sur des tissus embryonnaires, associés à des approches omiques globales et surtout à l’échelle de la cellule unique. L’objectif est d’explorer comment les voies de signalisation contrôlent les réseaux génétiques sous-jacents aux décisions de destin cellulaire et à l’évolution de la diversité neuronale dans le rhombencéphale et la moelle épinière humains. La personne recrutée sera en charge de réaliser des expériences sur divers modèles organoides et des tissus post mortem humains, réaliser des analyses bioinformatiques, de superviser conjointement avec les responsables de l'équipe des étudiants, techniciens et ingénieurs de l'équipe, présenter ses travaux dans la cadre de séminaire, participer à des demandes de financements et écrire des articles scientifiques.
Activités :
- Réalisation d’expérience de génomique (Chip-seq et ATAC-seq) en particulier de RNA-seq sur cellules uniques. Le projet requerra de tester de nouvelles méthodes de single cell RNA-seq en particulier sur tissus fixés
- Transcriptomique spatiale
- Réaliser des cultures de cellules souches pluripotentes humaines et leur différenciation en organoides, analyse des différenciation par méthode omics, de PCR ou d’histologie
- analyse de tissus post-mortem embryonnaire par méthode omics, de PCR ou d’histologie
- Imagerie confocale et analyse d’image subséquente. Quantification des données.
- programmation/codage pour l’assemblage et analyse, incluant analyses statistiques, de jeux de ses propres données et de jeux de données existants à l’aide d’outils bioinformatiques.
-Integration des resultats computationelles et experimentaux
- Interprétation des résultats
- Veille documentaire de publications pertinentes pour le domaine
- Rédaction de rapports et de publications scientifiques (figures et écritures)
- Présentation des travaux au sein de l’équipe et lors de réunions scientifiques
- participation à la rédaction de demande de financement

Contexte de travail :
- L’Institut Jacques Monod, situé au cœur de Paris, est un centre international de premier plan, doté d’une forte culture collaborative, offrant un environnement scientifique très interactif et un accès à des plateformes technologiques de pointe.
- L' équipe Ribes/Nedelec propose un environnement de recherche stimulant à l’interface du neurodéveloppement, de la biologie cellulaire et de la génomique. Nous utilisons un large éventail de techniques — organoïdes, tissus embryonnaires, approches omiques, imagerie en temps réel — pour explorer les principes de la spécification du destin cellulaire et de la morphogenèse tissulaire. Nous avons récemment intégré de nouveaux locaux entièrement rénovés, incluant des sal
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Fort intérêt pour la biologie du développement
- Une expertise préalable en génomique et en bioinformatique associée est indispensable.
- Expérience de RNA-seq sur cellule unique et analyses bioinformatiques associées
- Une expérience en approches épigénomiques / transcriptomiques (en particulier ChIP-seq et ATAC-seq) avec les analyses bioinformatiques en aval sera un atout majeur pour le recrutement
- Une expérience en culture et différenciation d’iPSC sera appréciée mais n’est pas obligatoire. Un soutien technique direct pour la culture cellulaire, y compris la différenciation d’organoïdes, sera disponible
- Excellent dossier scientifique avec publication en premier.e auteur.e acceptées ou au minimum soumise pour les candidats encore en thèse ou venant de la terminer
- Capacité à travailler de manière autonome et collaborative, avec un très bon esprit d’équipe
- Bonnes compétences en communication, bonne maîtrise de l’anglais oral et écrit

Contraintes et risques :
Travail en laboratoire avec astreintes le week-end et jours fériés.