L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail : 

Vous intégrerez l’UMR 0441 LIPME (Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement), située sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse. Vos travaux s'inscriront directement dans le cadre du projet D-P-SCH (Diagnostic de pathogènes par séquençage sans a priori au champ), soutenu par le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) et par le projet FranceAgriMer CASDAR DISRUPP. Ce projet a pour objectif de développer un outil de diagnostic génétique générique et rapide en santé des plantes, reposant sur le séquençage shotgun sans a priori (technologie long reads Nanopore) couplé à une analyse bioinformatique innovante. Vous évoluerez au sein de la plateforme de bioinformatique et interagirez avec le service de séquençage de l'unité.

Missions confiées :

Pendant la phase de développement technologique de la méthode, nous avons collecté et séquencé des centaines d’échantillons, principalement sur le tournesol et le blé, mais également sur le soja, le sorgho et d'autres espèces cultivées. Certains résultats issus de cette collecte se révèlent particulièrement prometteurs et leur valorisation fait l'objet de ce contrat.

Vos missions s'organiseront autour de trois grandes phases :

- Vous explorerez les données génomiques collectées en 2024, 2025 et 2026 dans le cadre du développement technologique de la méthode, afin d'identifier le thème scientifique le plus porteur. Selon votre profil et votre intérêt, vos travaux pourront s'orienter vers : l’analyse de génomes inconnus (oomycètes, champignons), la caractérisation de nouvelles souches de pathogènes (champignons et bactéries), ou le développement méthodologique en biostatistiques pour quantifier la « charge pathogène », en vous appuyant pour cela sur des réplicats d’échantillons de blé issus d’un suivi de parcelles à différentes dates pendant les saisons 2025 et 2026.

- Définition et exécution du plan d'expériences de la saison 2027 (d'avril à septembre) pour compléter les jeux de données et consolider vos analyses.

- La dernière phase de votre contrat sera dédiée à la synthèse scientifique et à la valorisation des résultats (rédaction d'articles scientifiques, communications).

Formation recommandée : Doctorat en écologie/épidémiologie moléculaire ou en génomique appliquée à la phytopathologie (champignons, bactéries, oomycètes).

Connaissances souhaitées : Connaissances en bioinformatique pour la génomique et/ou en biostatistiques. Maîtrise de R ou Python pour l’analyse et la visualisation de données. Capacité à travailler sous environnement Linux.

Aptitudes recherchées : Capacité à travailler en équipe, à acquérir rapidement de nouvelles connaissances sur plusieurs pathosystèmes, ainsi qu'à produire et soumettre des publications dans des revues scientifiques. Très bonne maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit.