Le/la chargé(e) de mission « plateforme de séquençage très haut débit » intervient à un moment crucial de la structuration de la médecine génomique à l’AP-HP : les recommandations issues d’une mission menée par le Pr Xavier Jeunemaître sont en cours de mise en œuvre et particulièrement la construction d’une plateforme de séquençage génétique centralisée et mutualisée.
La mission principale du poste est de superviser la production d’une plateforme de médecine génomique, aussi bien en long read qu’en short read, en garantissant le processus de production d’un point de vue technique et organisationnel. L’échéance de démarrage de la production de la plateforme est positionnée au dernier trimestre 2026.
Le poste comporte donc prioritairement un volet pratique avec le démarrage de la production des examens sur la plateforme, et l’encadrement des équipes chargées des opérations techniques de laboratoire. Plus particulièrement, le/la chargé(e) de mission « plateforme de séquençage très haut débit » aura comme projets prioritaires en 2026 la mise en production d’un séquenceur Long read (PacBio Revio), la participation à un appel d’offres en vue d’acquérir un séquenceur Short read de très grande capacité et l’intégration progressive des activités de la plateforme LiBip, plateforme dédiée à la biopsie liquide sur ADN tumoral circulant labellisée Carnot.
L’essentiel des missions se fera sous la direction conjointe de la direction opérationnelle du Programme Médecine Génomique APHP et du service SMG-MSO auquel la plateforme est rattachée. Les interactions avec les hôpitaux et la communauté médicale sont au cœur de l’action du département. Le poste implique des déplacements sur les différents sites hospitaliers.

Compétences scientifiques et techniques :
Expertise en génétique médicale et biologie moléculaire.
Bonne connaissance des technologies de séquençage short read et long read.
Compréhension des enjeux préanalytiques (ie. fonctionnement des automates type Hamilton ou Tecan), analytiques et post-analytiques (bioinformatique).
Expérience pratique en préparation de librairies :
Familiarité avec les cadres nationaux (PFMG, PNMR4, plan Cancer).
Compétences transversales :
Aptitude à travailler en interface entre cliniciens, biologistes et directions.
Compétences en conduite de projets complexes.
Expertise qualité.
Encadrement d’équipe.