Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Ce contrat post-doctoral repose sur le projet Emergence HisModSim obtenue par Natacha Gillet au Laboratoire de Chimie de l'ENS de Lyon. Il s'intéresse à l'impact de modification post-traductionnelle ou de modification de variant des histones au coeur du nucléosome, l'unité primaire de la chromatine par des simulations de dynamique moléculaire classique tout atome. Le nucléosome est composé d'un fragment d'ADN double brin venant s'enrouler autour d'un coeur protéique constitué de 8 histones. Ces protéines sont très bien conservées au sein du vivant mais peuvent subir des modifications post-traductionnelles pouvant intervenir dans l'activation des gènes, la réplication, la réparation de l'ADN etc. Par ailleurs, des variants d'histones peuvent s'échanger, et être associés à des processus biologiques comme le rythme circadien. L'objectif du projet est de comprendre l'impact à l'échelle moléculaire de ces modifications sur la structure et la dynamique du nucléosome, plus spécifiquement dans le contexte de la formation de lésions oxydatives de l'ADN et de la régulation du rythme circadien en collaboration avec l'IGFL.
Activités :
La personne recrutée sera amenée à:
- conduire une campagne de calcul de simulations de dynamique moléculaire classique des nucléosomes modifiés
- analyser le large jeu de donné obtenu par différents outils d'analyses, de la visualisation à l'automatisation par des outils de type machine learning
- mener des calculs QM/MM sur des aspects précis
- se tenir à jour sur la bibliographie tant sur les aspects méthodologiques que de biologie moléculaire
- communiquer les résultats en conférence et par la rédaction d'articles scientifiques
Contexte de travail :
Les travaux de recherches seront réalisés au sein de l'axe 1 Chimie théorique et Thermodynamique Moléculaire du Laboratoire de Chimie de l'ENS de Lyon. Cet axe rassemble plusieurs thématiques de chimie théorique et computationnelle (photochimie statique et dynamique, catalyse hétérogènes, modélisations des interfaces et des liquides ioniques). Il bénéficie de l'accès au mésocentre CBPSMN, très bien doté en CPU et en GPU. De plus, une allocation d'heure de calcul sur les centres nationaux (GENCI) est prévue sur ce projet.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
La personne recrutée devra avoir une expérience en chimie computationnelle. Une expertise en simulation de dynamique moléculaire classique, de préférence sur les systèmes biologiques, est attendue. Des compétences en programmation et/ou machine learning peuvent être appréciées.
Contraintes et risques :
Travail sur poste informatique uniquement