L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail  :  Sécurité microbiologique de l'entomoconversion de biodéchets par la mouche soldat noire (Hermetia illucens)

L'entomoconversion des biodéchets par les larves de mouche soldat noire (MSN, Hermetia illucens) représente une voie d'économie circulaire prometteuse pour valoriser les co-produits organiques en protéines et lipides de haute qualité pour la nutrition animale, ou en amendement organique (frass). Cependant, l’utilisation de biodéchets d'origines diverses soulève des questions majeures de sécurité sanitaire et est conditionnée entre autres par la maîtrise des risques microbiologiques, notamment la persistance ou la prolifération de micro-organismes pathogènes (bactéries sporulées ou non,) tout au long de l’entomoconversion. 

Le projet ANR REFLY consiste à évaluer la faisabilité, les bénéfices nutritionnels / environnementaux, mais aussi et surtout les risques sanitaires liés à l'utilisation de biodéchets non autorisés (comme certains types de déchets alimentaires urbains ou de restauration, actuellement restreints par la réglementation européenne). Au sein du consortium REFLY, l'équipe Sporalim de l'unité SQPOV (Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale, https://sqpov.paca.hub.inrae.fr/) possède une expertise reconnue dans l'étude des bactéries sporulées et de la microbiologie des aliments, en particulier. Nos recherches s'appuient sur le modèle bactérien Bacillus cereus, un agent pathogène fréquemment impliqué dans les toxi-infections alimentaires (Doublet et al., 2026).

Missions confiées : 

Vous serez placé(é) sous la responsabilité scientifique d'un chercheur INRAE et d’une maitre de conférences Avignon Université, en collaboration avec une assistante ingénieure INRAE de l'équipe Sporalim, vous aurez pour mission principale de mettre en œuvre les expérimentations microbiologiques liées au projet d'entomoconversion et d’identifier la dynamique et le devenir de la microflore (endogène ou inoculée) au cours du cycle d'élevage des larves sur différents substrats de biodéchets. Vous assurerez le suivi microbiologique quantitatif et qualitatif : prélèvements réguliers du substrat, du frass et des insectes à différents stades (adultes, œufs, larves et larves transformées). Vous réaliserez les analyses par microbiologie classique (mises en culture, dénombrements de flores d'intérêt et de pathogènes) et phénotypage moléculaire des isolats de B. cereus (extractions d'ADN, profiling M13, séquençage panC, identification des gènes de toxines par PCR multiplex), et l’analyse microbiologique globale (extraction d’ADN pour séquençage ARN16S en métagénomique). Vous réaliserez des essais de contamination artificielle contrôlée (challenge tests) pour évaluer la capacité de résilience ou d'élimination des micro-organismes par l'activité larvaire.

Vous consignerez rigoureusement les résultats dans un cahier de laboratoire (physique ou numérique),  vous assurerez la gestion des souches isolées, vous mettrez en forme les données brutes (tableaux, graphiques)et vous réaliserez une première analyse statistique des cinétiques observées. Vous participerez aux réunions d'avancement de l'équipe Sporalim et vous présenterez l'état d'avancement des travaux à l’équipe SporAlim et au consortium REFLY.

Formations et diplômes

• Diplôme requis : Licence Professionnelle, DUT/BUT ou BTS en Microbiologie, Biotechnologies, Sciences du vivant ou Analyses Biologiques.

Compétences techniques (Savoir-faire)

• Bonne maîtrise des techniques de base en microbiologie de paillasse (ensemencement en milieu stérile, isolement, dénombrement, identification bactérienne).
• Des compétences en biologie moléculaire (Extraction ADN, PCR) seraient un atout majeur.
• Aptitude à manipuler des insectes ou sensibilité pour l'entomologie.
• Maîtrise des outils informatiques standards (Excel, Word) et notions d'analyse de données.

Qualités professionnelles (Savoir-être)

• Rigueur et organisation : Suivi strict des protocoles expérimentaux et traçabilité sans faille.
• Esprit d'équipe : Capacité à interagir efficacement avec les techniciens, ingénieurs et chercheurs de l'unité SQPOV.
• Autonomie : Capacité à organiser ses journées d'expérimentation de manière indépendante après une phase de formation initiale.