Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
L'ingénieur(e) sera responsable de l'analyse et de l'intégration de données de metabarcoding dans le cadre du programme AO-EMBRC et d'autres projets associés, au sein du Laboratoire à Roscoff
Activités :
- Intégrer et analyser de nouvelles données de metabarcoding dans le cadre de AO EMBRC et de l’ANR BONUS.
- Contribuer à la production d’articles scientifiques via la production de figures et d’analyses statistiques associées
- Utiliser et prendre part au développement de workflows de traitement de données de metabarcoding dont un dédié aux données virales
- Participer au développement de nouvelles fonctionnalités pour améliorer la visualisation des données, faciliter leur analyse au sein des portails, accroître l’interopérabilité entre les différents portails et outils.
- Interagir avec les groupes de recherche participants au programme AO-EMBRC et les ingénieurs de la plateforme ABiMS pour définir et affiner les besoins futurs.
- Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales.

Contexte de travail :
Au sein de la plateforme ABiMS de bioinformatique et de gestion de données marines de la station biologique de Roscoff , l’ingénieur(e) recruté(e) travaillera dans la cadre des deux projets PIA AO-EMBRC et ANR BONUS. Le projet « Observatoires Augmentés du Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) », AO-EMBRC, vise à soutenir et développer des observatoires augmentés de biologie marine en France, afin de mener des études de suivi temporel des communautés d’organismes marins sur plusieurs sites des côtes métropolitaines.
Dans ce contexte, l’ingénieur(e) recruté(e) sera en charge de l’intégration, du traitement et d’une partie de l’analyse des données de biodiversité moléculaire (metabarcoding) depuis leur collecte sur les sites étudiés jusqu’à leur mise à disposition au sein de la communauté scientifique partenaire du projet puis leur diffusion à l’ensemble de la communauté scientifique au travers des entrepôts de données existants.
Dans le contexte du projet ANR BONUS (porté par Anne Claire Baudoux, UMR 7144), un suivi temporel de diversité moléculaire de virus de microalgues dominantes (diatomées) sera plus spécifiquement étudiée par des approches innovantes dans des échantillons d’eau de mer prélevés au large de Roscoff.
L’ingénieur(e) sera localisé(e) à la Station Biologique de Roscoff, au sein de la plateforme ABiMS, avec de fortes interactions avec les équipes de recherche de la station, les autres stations de biologie marine (Banyuls-sur-mer et Villefranche-sur-mer) ainsi qu’avec le CEA / Genoscope à Evry.
L’ingénieur(e) sera sous la responsabilité de technique de l’ingénieur en charge du traitement des données de diversité au sein de l’équipe, et sous l'autorité hiérarchique du responsable de service.
À l’issue de ce contrat, une poursuite jusqu’à fin déce
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Maîtrise de R et/ou Python et notions en scripting Bash pour l’analyse de données biologiques
- Utilisation d’un cluster de calcul haute performance pour l’analyse de données (SLURM) et de gestionnaire de workflow (Nextflow)
- Compétences en analyse de données metabarcoding
- Bonne compréhension des principes de phylogénie moléculaire et des outils associés
- Notions de biodiversité, d’écologie marine et virale
- Connaissance des outils et concepts lié à la gestion, l'interopérabilité et à la diffusion ouverte de données multimodales
- Anglais parlé et écrit (niveau B2)
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contraintes et risques :