Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne recrutée aura la charge de développer un protocole de détection et de quantification de la Tordeuse des Bourgeons de l’Epinette (TBE) au cours de l’Holocène à partir d’analyses d’ADN sédimentaire lacustre (qPCR, DD-PCR). Elle utilisera ces données pour reconstituer la fréquence et/ou l’intensité des épidémies de TBE, pour caractériser les interactions avec les régimes de feux. In fine, elles serviront également dans l’approche combinée paléo-modélisation, au cœur du projet RETROPEST (https://anr.fr/Projet-ANR-24-CE02-6823).
Activités :
• Détermination d’un gène cible pour le design d’amorces spécifiques à Choristoneura fumiferana dans l’ADN mitochondrial et/ou nucléaire
• Développement d’un protocole de qPCR et DD-PCR pour la quantification de ce gène cible dans des matrices sédimentaires (objectifs : obtenir des concentrations robustes et reproductibles)
• Application de ce protocole aux enregistrements sédimentaire lacustres du projet. Pour ce volet le candidat bénéficiera de l’appui technique des personnels du laboratoire, et pourra également encadrer un ou des étudiants de M2.
• Traitement des concentrations obtenues (ADN de Choristoneura fumiferana) pour calculer des fréquences d’épidémies
• Comparaison des données obtenues avec les données sur les feux de forêts et les dynamiques de végétation
• Publication de la méthodologie développée, et publication des résultats combinés dans une étude multi-proxies sur les perturbations multiples
Contexte de travail :
Ce poste de chercheur post-doctoral s’inscrit dans le cadre du projet ANR RETROPEST (https://anr.fr/Projet-ANR-24-CE02-6823) « Wildfires & Insect outbreaks in Boreal forests. A combined approach using paleoecology, sedimentary DNA & modelling »(2025-2029, PI: D. Rius). L’objectif général de ce projet est de mieux caractériser les interactions entre ces deux régimes de perturbations en réponse au changement climatiques passé, présent et futur et leur impact sur les dynamiques de végétation forestière au Québec à ces mêmes échelles de temps. Le projet s’appuiera sur un réseau de sites d’études régionaux, composés de carottages courts (ca 2000 ans) et longs (ca 8000 à 9000ans, ie depuis la déglaciation, WP1), sur des quantifications paléoclimatiques des T° estivales (WP2) et des reconstructions de la végétation (pollen) et des paléofeux (charbon, WP3) au cours de l’Holocène. Les épidémies de TBE seront quant à elles reconstruites à partir de l’ADN sédimentaire dans les carottes lacustres.
La personne recrutée sera encadrée par le PI du projet et par B. Valot (IR CNRS) qui apportera son expertise en biologie moléculaire. Elle bénéficiera également de l’appui technique des personnels de UT de biologie moléculaire (A. Cardot-Laboisière) ainsi que des nouvelles installations dédiées à l’ADN ancien au laboratoire.

La personne recrutée travaillera au laboratoire Chrono-Environnement, dans le thème DYNABIO (« Dynamique
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Doctorat en paléo-écologie, ADN sédimentaire ou ADN environnemental
- Connaissances des protocoles et techniques de biologie moléculaire (PCR, qPCR, etc…)
- Compétences en traitement numérique des données (R/Python/…)
- Capacité à s'intégrer dans une équipe multidisciplinaire et à participer à des projets collaboratifs.
Contraintes et risques :