Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Choisir, développer et mettre en œuvre un pipeline standardisé pour l’analyse de données de spatiales transcriptomiques (10XGenomics Xenium) dans un contexte de recherche en neurobiologie (coupe de cerveau de souris). Le/la candidat(e) mènera trois projets en parallèles pour trois équipes de recherche de l’IPMC. Ce projet comporte une dimension de développement méthodologique visant à implémenter des solutions innovantes pour l’études des ARNs au niveau subcellulaire (projections neuronales) majoritairement éludés par les solutions bioinformatiques standards actuelles.
Activités :
Choix et adaptation des protocoles d’analyse des données de transcriptomique spatiale dans le cadre des projets scientifiques réalisés, mise en œuvre des analyses et contrôles qualité
Rédaction / mise à jour des rapports d'études, conduites de réunions de projets régulières
Rédaction d’articles scientifiques, figures, méthodes
Participation à la veille scientifique et technologique du domaine
Implémentation d’un package python pour la mise en œuvre d’analyse subcellulaire en application aux thématiques étudiées dans les projets de recherches des équipes.
Contexte de travail :
Expérience opérationnelle sur serveurs Unix/Linux.
Maitrise des logiciels d'analyse statistique (Python, R).
Bonnes connaissances en biologie.
Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais).
Capacité au travail en équipe, dans le cadre de multiples collaborations avec des chercheurs, doctorants, post-doctorants, ingénieurs.
Capacité d'initiative dans l'organisation générale et quotidienne.

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 21 équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 250 personnes. La personne recrutée sera localisée sur le hub de bioinformatique de l’IPMC, regroupant 8 bioinformaticiens experts en analyse de transcriptomique spatiale. Il travaillera en étroite collaboration avec les trois équipes de recherche impliquées et aura pour mission de mener à bien les projets de recherche en transcriptomique spatiale de ces équipes.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire et en génomique
Capacités à comprendre la biologie des systèmes étudiés
Expert en développements python et en statistiques
Capacité à travailler en étroite collaboration avec les collaborateurs biologistes.
Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais).
Contraintes et risques :
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.