Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne recrutée travaillera sur la construction et le calibrage d'un modèle générique multi-échelle intégrant des données omiques accessibles au public
Activités :
- Développer des modèles booléens et basés sur des agents.
- Développer des méthodologies de couplage pour des modèles hybrides à grande échelle.
- Faire des analyses de sensibilité, de robustesse et d'évolutivité.
- Intégrer des ensembles de données de cohortes multimodales.
- Appliquer des approches d'apprentissage automatique pour la prédiction et la stratification.
- Développer des logiciels.
Contexte de travail :
Le projet DigiTREAT, financé par le programme PEPR Digital Health, vise à développer un jumeau numérique multi-échelle pour la polyarthrite rhumatoïde (PR) en intégrant la modélisation computationnelle, les données omiques et les cohortes cliniques. Le projet répond à un besoin clinique majeur non satisfait : prédire la réponse au traitement dans les maladies auto-immunes complexes.
Le poste est basé au Centre de Biologie Intégrative (CBI) de Toulouse, un centre de recherche commun au CNRS et à l'Université Toulouse III – Paul Sabatier dédié à la biologie intégrative à toutes les échelles. Le candidat rejoindra la division de biologie des systèmes et sera supervisé par le professeur Anna Niarakis.
https://cbi-toulouse.fr/en/equipe/pole-de-biologie-des-systemes-en/
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Savoirs/Connaissances : Doctorat en bio-informatique, biologie computationnelle, mathématiques appliquées ou dans un domaine connexe
Savoir-Faire : Expertise en modélisation de systèmes biologiques (modèles booléens, ABM ou équivalents). Expérience en apprentissage automatique et en intégration de données. Solides compétences en programmation : R, Python (C++ apprécié). Expérience avérée en matière de publications.
Savoir-Être : rigueur, savoir rendre-compte.

Contraintes et risques :