Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Les bactériophages (virus infectant les bactéries, aussi appelés phages) modulent profondément les écosystèmes bactériens, mais la classification de leur vaste diversité demeure un obstacle majeur à la description de leurs rôles écologiques et de leurs interactions avec les bactéries. Ce poste s’inscrit dans un projet plus large, reposant sur une collaboration franco-allemande financée par l’ANR, qui vise à développer une classification taxonomique de haut niveau (famille ou ordre) pour les phages. Ce projet propose de décomposer les génomes de phages en modules génétiques coévolutifs (phage genetic modules ou PGM) qui seront utilisés pour la classification, mais aussi pour améliorer l’annotation fonctionnelle des génomes de phages.
Dans ce cadre, le post-doctorant utilisera une combinaison d’information évolutive, issue des alignements multiples de séquences homologues, et de propriétés structurales pour prédire les interactions biomoléculaires des protéines de phages. Pour cela, il commencera par tester des outils récents basés sur l’apprentissage profond (tels qu’AlphaFold ou ESMFold) pour prédire les structures de complexes de protéines de phages, d’abord à petite échelle, puis pour les modules (PGM) et leurs alignements qui seront construits par les équipes collaboratrices. Ces prédictions seront étendues à des cas plus difficiles, comme les interactions impliquant des petits motifs linéaires dans des régions désordonnées (tels que les motifs utilisés par les virus pour détourner les fonctions régulatrices de leurs hôtes) ou les interactions entre protéines et acides nucléiques impliquées dans la réplication et la recombinaison. A cet effet, la personne recrutée affinera les méthodes de prédiction structurale et étudiera le bénéfice des modèles de langage à grande échelle. Enfin, le projet inclura des étapes de criblage à plus large échelle (jusqu’au génome entier) afin de prédire de nouvelles interactions protéiques et de développer un outil pour évaluer la propension de deux protéines de phage à interagir.
Les résultats du projet seront mis à disposition de la communauté scientifique. Une des équipes participant au projet développe une base de données de séquences virales (VirJenDB), qui sera étendue aux modules identifiés dans le projet et intégrera les annotations réalisées par les différentes équipes participantes.

Activités :
La personne recrutée réalisera les activités suivantes :
- Recueil et traitement des données
- Evaluation de différents outils de prédiction de structure 3D et de modèles de langage biologiques
- Modélisation structurale multi-échelle et analyse des modèles 3D prédits
- Modélisation statistique et apprentissage automatique pour extraire des caractéristiques et développer des outils de prédiction
- Analyse de réseaux d’interactions
- Développement de méthodes, de scripts et logiciels, utilisation des environnements de calcul distribué
- Préparation
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Les candidats doivent être fortement motivés par les aspects interdisciplinaires et l’utilisation de techniques informatiques et mathématiques pour répondre à des questions d’intérêt biologique. Le post-doctorant devra être titulaire d’un doctorat en bio-informatique, microbiologie/écologie virale, ou tout autre domaine qui lui aurait permis d’acquérir les compétences pertinentes pour le projet. Une expérience préalable d’analyse de données et de développement méthodologique est nécessaire, de même que la connaissance de langages de programmation adaptés (idéalement Python). Une connaissance du domaine des bactériophages et une expérience de manipulation de données structurales protéine et ARN sont fortement souhaitables. Une expérience de modélisation statistique et d’analyse de réseaux biologiques serait un plus. La personne recrutée devra par ailleurs être autonome, à l’aise pour le travail collaboratif et maîtriser l’anglais scientifique oral et écrit (la maîtrise du français n’est pas nécessaire pour le projet).
Contraintes et risques :