L’université de Bordeaux est une grande université dynamique, responsable, attentive au bien-être de ses personnels. La rejoindre, c’est travailler dans un cadre privilégié au sein d’une communauté professionnelle particulièrement diverse et ouverte, en bénéficiant de dispositifs d’accueil et d’inclusion, de formation et de mobilité interne. C’est participer à une aventure académique, scientifique et humaine. C’est s’engager à relever les défis du XXIe siècle.

Le centre Bordeaux Population Health (BPH, U1219 Univ. Bordeaux - Inserm), l’un des principaux centres de recherche en santé des populations en France, comprend 10 équipes (~500 personnes) travaillant sur des thématiques diverses en santé publique, avec 5 domaines transversaux d’excellence: (i) santé cérébrale tout au long de la vie; (ii) science des données (IA, épidémiologie moléculaire, cohortes longitudinales, bases médico-administratives); (iii) maladies infectieuses et santé globale; (iv) vieillissement et résilience; (v) déterminants environnementaux et sociaux de santé.

Dans ce contexte, nous recherchons un.e Post-Doctorant-e / Chercheur-e en épidémiologie génétique ayant une solide expérience en génomique, qui connaît bien les méthodologies de génétique quantitative, y compris GWAS, WGS, le développement de modèles de scores de risques polygéniques, et les approches post-GWAS, y compris la randomisation mendélienne, TWAS et la colocalisation, l'enrichissement de la cible médicamenteuse, etc.

Des compétences informatiques avec la capacité de gérer des données, d'écrire des scripts en R ou en python dans un environnement Unix sont essentielles. Une expertise dans l'analyse de données multiomiques (épigénétique, transcriptomique, protéomique ou métabolomique) est un plus et une expérience dans le développement de progiciels et d'outils d'analyse est fortement souhaitée. Le candidat travaillera sous la supervision directe du Dr. Aniket Mishra (Chercheur en génétique statistique au HBP) et en étroite collaboration avec le Prof. Stéphanie Debette (Directrice du HBP et professeur d'épidémiologie et de neurologie) et le Dr. Carole Dufouil (Directrice de recherche Inserm en génétique statistique).

Ce poste sera financé par une prestigieuse subvention ANR-JCJC récemment obtenue par le Dr. Mishra pour le projet "The brain resilience initiative : genes shielding the brain from cerebrovascular insults" (BRICS).

Le candidat bénéficiera d'interactions étroites avec :

- D'autres équipes / partenaires ayant une expertise en biostatistique, épidémiologie, imagerie cérébrale, modèles expérimentaux de maladies cérébrovasculaires, neurologie clinique).

- Des collaborateurs internationaux au sein des consortiums CHARGE et International stroke genetics, et des réseaux BRIDGET, SHIVA et MatriSVDs.

La mission principale relève à identifier les déterminants génétiques de la résistance du cerveau aux lésions cérébrales vasculaires.

Domaine d’activité 1 : Traitement des données / Data processing

Tâche 1 : Contrôle de qualité des données génotypiques standard à l'aide de plink1.9/2.

Tâche 2 : Contrôle de qualité post GWAS à l'aide d'EasyQC ou de scripts R/python pour la méta-analyse des GWAS à l'aide du logiciel Metal/MRMEGA/MTAG.

Tâche 3 : Traitement des données WGS à l'aide du pipeline GATK et contrôle de qualité standard des fichiers vcf à l'aide de plink/vcftools et de commandes unix/R/Python.

Tâche 4 : Annotation des données WGS à l'aide du logiciel annovar/VEP.

Domaine d’activité 2 : Développement modèles de prédiction / Development prediction models

Tâche 1 : Développement de modèles de prédiction du risque polygénique en utilisant des approches de régression (P+T, PRScs LDPRED2, etc.).

Tâche 2: Développer des modèles intégrés de prédiction des risques en utilisant des approches basées sur l'apprentissage automatique telles que la forêt aléatoire et la régression par réseaux élastiques.

Domaine d'activité 3 : Analyses statistiques

Tâche 1 : Étude d'association génétique à l'aide du logiciel REGENIE.

Tâche 2 : Analyses post-GWAS/WGS comprenant la radomisation mendélienne, les analyses basées sur les gènes/voies, l'enrichissement des cibles de médicaments (GREP, Trans-Phar, etc.), PheWAS, TWAS et la colocalisation.

Titulaire d’un diplôme de doctorat dans le domaine de l’épidémiologie génétique / statistique génétique/ bioinformatics, cette fonction requiert :

Expérience et connaissances théoriques en génomique des maladies complexes, idéalement avec une expérience préalable de travail avec des données de séquençage de nouvelle génération.
Excellentes compétences en programmation en R et, si possible, dans d'autres langages de programmation, y compris Python.
Expérience de la rédaction de manuscrits de haute qualité, démontrée par des publications en tant que premier auteur dans des revues à fort impact.
Maîtrise de l'anglais parlé et écrit.

Plus d’informations :

Basé à Bordeaux - accès tram A (arrêt de tram Hôpital Pellegrin) bus, vélo.

Adresse : Centre BPH U1219, Université de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat 33076 Bordeaux Cedex

CDD de projet de 36 mois à pourvoir du 01/02/2024 au 30/01/2027

Salaire mensuel brut : 2 750€ bruts mensuels

Avantages liés au poste :

Forfait jours de congés annuels dès la première année (50 jours par an)
Télétravail possible selon nécessités et organisation du service
Prise en charge à 75% de l’abonnement aux transports en commun de Gironde
Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels 
Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
Parcours d’accueil et formations
Processus de recrutement : après la période de publication de l’annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.

Conseil : votre lettre de motivation est lue et nous apporte des éléments complémentaires à votre CV !