Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La/le postdoc recruté/e sera intégré dans l’équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOMS). Mission : (1) simulations informatiques dans le cadre du projet SELDOM, en se concentrant sur les interactions entre les lipides et les protéines dans les gouttelettes lipidiques ; (2) développement et la maintenance du code POP_MD pour les simulations de dynamique moléculaire hors équilibre de systèmes biologiques.
Activités :
La personne recrutée aura la charge de :
• Contribuer aux différentes tâches liées à la modélisation des lipides et des protéines membranaire impliquées dans la biogenèse de gouttelettes lipidiques, .
• Développer et implémenter l’algorithme POP-MD dans le logiciel OpenMM pour la préparation des simulations gros-grain avec le champ de force Martini, y inclus la préparation des systèmes de protéines membranaires.
• Contribuer au développement du champ de force Martini 3 pour les lipides neutres (esters du cholestérol) et des protéines ; en particulier, la personne recrutée s’occupera de l’optimisation des paramètres pour les lipides neutres.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l’analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l’équipe MOMS.
• Développer des tutoriels pour illustrer e fonctionnement des différentes outils bioinformatiques utilisé dans l’équipe, et le partager sur le site GitHub de l’équipe.
Contexte de travail :
Les recherches menées au laboratoire MMSB sont axées principalement sur la microbiologie et la biologie structurale. Dans MMSB, l'équipe MOMS s'intéresse principalement à la structure et au fonctionnement des membranes biologiques, en utilisant la bioinformatique et les simulations moléculaires. En outre, MOMS participe au développement du champ de force de Martini et nous développons des logiciels et des méthodologies pour les simulations moléculaires de systèmes biologiques.
Le chef d'équipe de MOMS est Luca Monticelli. Cécile Hilpert est ingénieure logicielle dans la même équipe et sera la personne à contacter pour les tâches techniques.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Connaissances théorique et pratique des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire, et en particulier du logiciel GROMACS.
• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la physique statistique, et connaissance des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances générales de biologie structurale (membranes biologiques, protéines membranaires).
• Connaissances théorique et expérience souhaitée avec le champ de force Martini 3.
• Connaissances pratiques du système d’exploitation Linux (incluant les bases de l’administration des systèmes), du language bash et d’ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Connaissances pratiques du langage Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d’analyse de données.

Contraintes et risques :
Travail à l’ordinateur.