Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La photosynthèse eucaryote est assurée par les plastes, organites issus d'une endosymbiose primaire avec un ancêtre cyanobactérien qui a donné naissance aux algues vertes et aux plantes terrestres (ensemble Viridiplantae), aux algues rouges et aux algues glaucophytes (Archibald 2015). Ces événements ont été suivis par des transferts massifs de gènes des progéniteurs plastidiques vers le noyau de l'hôte. La réimportation des produits de ces gènes, désormais traduits dans le cytosol mais fonctionnant dans l'organite, a été l'un des enjeux majeurs rencontrés par l'endosymbionte. Cette importation repose sur les peptides d’adressage aux organites (oTP) situés à l'extrémité N-terminale de la plupart des protéines adressées aux organites. Ces oTPs permettent le passage à travers l'enveloppe de l'organite, avant d'être clivés après l'importation par des peptidases de traitement et ensuite dégradés par des oligopeptidases. La question de savoir comment les produits protéiques des gènes relocalisés dans le noyau ont acquis une séquence de ciblage permettant leur importation dans l'organite et comment les progéniteurs de l'organite ont acquis la machinerie d'importation correspondante est fascinante. Nous avons récemment remis en question l'hypothèse selon laquelle la machinerie d'importation des protéines de l'organite provenait de la cooptation d'un ancien mécanisme de résistance bactérienne contre les peptides antimicrobiens (AMP) (Wollman 2016 ; Caspari et Lafontaine 2021). Nous avons caractérisé les similarités physico-chimiques des oTPs et des peptides antimicrobiens (AMP) et nous avons validé leur complémentation fonctionnelle (Garrido et al. 2020). Nous avons également determine les résidus clés impliqués qui ont pu permettre une transition depuis la fonction antimicrobienne jusqu’à la fonction d’adressage (Caspari et al. 2023) et nous avons également retracé l'histoire evolutive des peptidases impliquées dans la dégradation des oTP (Garrido et al. 2022).
L'objective du présent projet est de retracer l’histoire évolutive et comparative des canaux de translocations au sein de la mitochondrie (TOM/TIM translocase of the outer/inner membrane) et du chloroplaste (TOC/TIC, translocon on the outer/inner chloroplast membrane) au travers desquels les protéines sont importées au sein de ces organites ; ainsi que des systèmes de translocations bactériens impliqués dans la résistance aux AMP.
Dans cette perspective évolutive, elle/il revisitera l'évolution du cycle de Calvin-Benson (CBC) vers une augmentation de son activité de fixation du CO2. À cette fin, le candidat déduira les séquences ancestrales des enzymes du CBC, afin que les expérimentateurs conçoivent des souches de deux organismes modèles portant ces séquences ancestrales, qui subiront une évolution dirigée et seront sélectionnées pour leur aptitude accrue. Il/elle analysera également les trajectoires mutationnelles des souches évolué
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Savoirs/Connaissances :
- Connaissances générales en bioinformatique
- Connaissance approfondie en génomique comparative et évolution des génomes
- Connaissances approfondies en analyse de données NGS
- Connaissances en biologie évolutive
- Maîtrise de l’anglais scientifique (lecture et rédaction)
- Connaissances de base en génétique
- Une expérience préalable en méthodes d’apprentissage machine sera un plus

Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre les protocoles expérimentaux
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
- Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
- Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
- Sens de l'organisation.
- Aptitude à travailler en équipe

Contraintes et risques :