Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Exploration de la biophysique du moteur flagellaire bactérien et de la motilité bactérienne à travers une perspective de biophysique expérimentale d'un organisme modèle émergent : Campylobacter jejuni.
Contexte :
La locomotion flagellée, utilisée par plus de 80 % des espèces bactériennes, est fondamentale pour une large gamme de processus biologiques, y compris la chimiotaxie, l'essaimage et la formation de biofilms. Ainsi, les nanomachines de plusieurs 'espèces modèles', telles qu'Escherichia coli et Salmonella enterica, ont été extrêmement bien caractérisées. Les moteurs flagellaires bactériens (MFB) exploitent le flux d'ions pour faire tourner un long filament flagellaire hélicoïdal afin de propulser la motilité bactérienne ; le passage des cations (généralement des protons ou Na+) à travers les unités de stator intégrées dans la membrane interne entraîne des changements conformationnels qui exercent une force sur l'anneau C cytoplasmique du rotor du moteur. Ces composants moteurs de base sont conservés chez toutes les bactéries possédant des systèmes flagellaires, avec plusieurs variations entre les genres pouvant conférer différents avantages sélectifs dans différents environnements.

Par exemple, on pense que les moteurs flagellaires de Campylobacter jejuni et des espèces de Vibrio sont adaptés pour un couple plus élevé, permettant un mouvement plus rapide dans des environnements visqueux. Le ϵ-proteobacteria C. jejuni est la cause la plus courante d'entérite bactérienne d'origine alimentaire, qui peut entraîner une variété de complications post-infectieuses telles que le syndrome de Guillain-Barré, l'arthrite réactive et la neuropathie. Sa motilité flagellée est cruciale pour coloniser et envahir les intestins de l'hôte et pénétrer les barrières muqueuses. Sous-jacent à ce cycle de vie complexe, qui s'étend sur une gamme de différents environnements, se trouve une structure flagellaire tout aussi complexe : C. jejuni est une bactérie biflagellée avec un flagelle émanant de chaque pôle, et la cryo-tomographie électronique révèle plusieurs composants supplémentaires dans sa structure moteur. Cependant, malgré sa pertinence clinique et ses adaptations structurelles et fonctionnelles intrigantes, le système flagellaire de C. jejuni reste largement sous-étudié.

Ce projet propose de caractériser la biophysique du système flagellaire de Campylobacter à travers les niveaux d'organisation et vise à établir davantage C. jejuni comme un organisme modèle émergent pour l'étude de la motilité bactérienne flagellée.

Ce projet est co-dirigé par deux jeunes chercheurs principaux, Ashley Nord, CNRS, et Jasmine Nirody, à l'Université de Chicago. Ashley fait partie de l'équipe 'Physique et Mécanique des Systèmes Biologiques', composée de trois chercheurs permanents du CNRS, tous avec une formation en physique et biophysique. L'équipe est très interactive et dynamique, et le candidat aura
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Au cours du doctorat, le candidat passera jusqu'à six mois à l'Université de Chicago pour mener des recherches dans l'équipe de Jasmine Nirody.

Activités
• Biophysique à molécule unique
• Microscopie en champ clair
• Microscopie fluorescente
• Analyse d'image, analyse de séries temporelles
• Programmation
• Pinces optiques
• Modélisation théorique
• activités en laboratoire et biologie cellulaire/moléculaire (bactéries)

Compétences
• Posséder une solide formation en physique, biophysique, biologie quantitative ou discipline connexe;
• Avoir de l'expérience ou une bonne connaissance des microscopies optique et de fluorescence;
• Avoir de l'expérience ou connaître les pinces optiques ;
• Avoir de l’expérience dans l’analyse d’images, l’analyse de séries chronologiques et l’analyse de données quantitatives;
• Avoir des compétences en programmation (le laboratoire utilise principalement Python);
• Avoir de l'expérience en laboratoire humide ou être désireux d'apprendre à travailler avec des bactéries;
• Être innovant, apprécier la résolution de problèmes et être capable de repousser les limites des dispositifs de microscopie optique personnalisés;
• Apprécier le travail dans un environnement interdisciplinaire;
• Être créatif, enthousiaste, très motivé et capable de travailler de manière indépendante et en équipe.

Des compétences de haut niveau en communication en anglais sont un atout; aucune connaissance du français n’est requise.