Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge de l'annotation structurelle puis fonctionnelle des fonctions enzymatiques de génomes de levures, et de leur interprétation en voies métaboliques d’intérêt. Ces méthodes seront appliquées à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.
Activités :
- Prédiction de la capacité de levures à produire des composés métaboliques d"intérêt à partir de leurs génomes.
- Annotation structurelle et fonctionnelle de génomes de levures d'intérêt
- Reconstruction de voies métaboliques correspondants aux dérivés du tryptophane et identification des meilleures souches capables de les produire.
Contexte de travail :
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières.

La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium.
La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.

A propos du laboratoire
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www.irisa.fr
L'IRISA est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (plus de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, l'IRISA est un laboratoire d'excellence dont les priorités scientifiques sont la bioinformatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des big data et l'intelligence artificielle. Tourné vers l'avenir de l'informatique et nécessairement tourné vers l'international, l'IRISA est au cœur même de la transition numérique de la société et de l'innovation au service de la cybersécurité, de la santé, de l'environnement et de l'écologie, des transports, de la robotique, de l'énergie, de la culture et de l'intelligence artificielle.

Présentation du CNRS en
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Connaissances avancées en bioinformatique.
- Assemblage et annotation de génomes.
- Biologie moléculaire.
- Implémentation et mise à production de pipelines bioinformatiques
- Connaissances en machine learning
- Expertise en annotations structurelle et fonctionnelle de génomes.
- Programmation (python).
Contraintes et risques :