Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous recherchons un ingénieur informatique (H/F) motivé pour rejoindre le projet CROPTRAITS, dont l'ambition est de développer le premier système d'information mondial, centralisé et interopérable, dédié aux traits fonctionnels des plantes cultivées. Cette ressource scientifique inédite rassemblera, harmonisera et diffusera des données provenant de publications, de bases existantes et de nouvelles collectes. Elle constituera un outil majeur pour la recherche en agroécologie, biodiversité, adaptation et conservation.
Une première version de la base de données CROPTRAITS - incluant un modèle relationnel complet sous PostgreSQL - a déjà été conçue et codée.
La personne recrutée aura pour missions principales de (i) finaliser l'infrastructure existante et en assurer l'optimisation, (ii) développer des outils et interfaces facilitant son utilisation par la communauté scientifique (API, tableaux de bord, modules de consultation…), et (iii) mettre en place des solutions garantissant la pérennité, la documentation et l'évolutivité de CROPTRAITS dans une logique d'ouverture (FAIR) et de long terme.
Activités :
1) Finalisation et alimentation de CROPTRAITS :
- Vérifier et optimiser la structure de la base relationnelle existante (PostgreS QL).
- Intégrer de nouveaux jeux de données de traits issus de publications et de bases complémentaires.
- Concevoir, développer et maintenir des fonctionnalités front-end et back-end performantes et sécurisées.
- Développer et maintenir des API (FastAPI)
2) Développement d’outils de diffusion et de contribution :
- Terminer le développement de l’interface web de consultation et de téléchargement des données.
- Mettre en place un outil de data mapping pour faciliter l’import et la standardisation de nouvelles données (formats hétérogènes → standard CROPTRAITS).
- Mettre en place l’interopérabilité avec d’autres bases.
3) Durabilité et évolutivité de CROPTRAITS :
- Proposer et mettre en œuvre de bonnes pratiques de maintenance, sauvegardes et sécurité des données.
- Rédiger la documentation technique et assurer la reproductibilité.
- Former les chercheurs du consortium aux outils et procédures

Contexte de travail :
Le projet est porté par Lucie Mahaut, chercheure au Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE – Montpellier), l’un des plus grands laboratoires de recherche en écologie en France. Vous serez intégré·e à l’équipe ECOPAR (Écologie Comparative), qui développe une approche interdisciplinaire pour comprendre la diversité fonctionnelle des plantes et la résilience des agroécosystèmes. L’équipe possède une expertise reconnue dans la construction, la gestion et l’ouverture de bases de données mondiales sur la biodiversité. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un stagiaire de M2 recruté sur le même projet, en charge du développement d’un pipeline de text-mining dédié à l’extraction automatisée des données de traits fonctionnels à p
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Profil recherché
Bac+4 en informatique, bio-informatique, data science ou équivalent.
Compétences techniques
o Maitrise en SGBD (Postgresql)
o Maîtrise en programmation et déploiement (python, R, React, bash, FastAPI)
o Versionning : gitlab
o Conteneurisation : Docker
o Des connaissances sur les principes F.A.I.R seraient un plus
o Des connaissances sur les métadonnées, les standards utilisés (EML,Darwin Core, Dublin Core..), les ontologies seraient un plus.
Compétences transversales
o Rigueur, autonomie, sens de l’organisation
o Capacité à travailler en équipe pluridisciplnaire
o Connaitre les bonnes pratiques en développement (versionning, documentation, norme de programmation, tests, notion de sécurité)


Contraintes et risques :
Aucune