Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La mission principale consiste à poursuivre le développement de l'application FAIR-Checker dans le but de faciliter l’évaluation de la FAIRness de ressources numériques pour le domaine de la biodiversité. Ce travail sera mené dans le cadre d’un consortium international impliquant le Swiss Bioinformatics Institute, Manchester University, et l’infrastructure de recherche européenne Elixir.

Activités :
- Développement d’un plugin “biodiversité” pour FAIR-Checker
- Contribuer à la constitution d’un profils de métadonnées Bioschemas en lien étroit avec les recommandations de l’ENA
- Mener des campagnes d’évaluation à grande échelle sur une large collection d’échantillons dans le domaine de la biodiversité
- Participer à la constitution de supports de formation dans le domaine des sciences ouvertes, et aux formations elles-mêmes
- Participer au groupe de travail national sur les sciences ouvertes
- Contribuer à l’adoption des principes FAIR en identifiant les besoins des communautés des sciences de la vie
- Participer à l’encadrement de stagiaires

Contexte de travail :
Vous serez localisé à l’Institut du Thorax à Nantes, et rattaché à la plateforme de bioinformatique BiRD.
FAIR-Checker est un outil en ligne, développé dans le cadre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique) qui aide les scientifiques à automatiser les validations et à recevoir des recommandations techniques pour la mise en conformité des ressources web avec les principes FAIR. Il assiste les gestionnaires de données dans l’évaluation de la qualité des métadonnées et la priorisation des métadonnées pertinentes. Présenté lors de divers événements scientifiques et publié dans le Journal of Biomedical Semantics, FAIR-Checker est largement utilisé, avec une moyenne de plus de 76 000 évaluations des métriques FAIR ces 12 derniers mois. Il est également déployé pour Bioschemas, une initiative internationale de spécification de profils de métadonnées pour les sciences de la vie.
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé regroupant 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR 3601). L’IFB a pour mission de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …), de répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins, et d’anticiper les futurs développements du domaine.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
De très bonnes connaissances en développement logiciel sont attendues. Une expérience en développement web ou de base de données est un plus. Une expérience dans le développement collaboratif de ressources ouvertes est également un plus.
Capacités d’abstraction et de modélisation
Conception et qualité logicielle (Model/Test Driven Development/Documentation)
Maîtrise d’au moins deux langages de programmation dont Python
Connaissance de git pour le développement collaboratif
Intérêt pour les bonnes pratiques, et les approches "intégration continue"
Connaissance des formats et protocoles d'échange de données sur le web (e.g. JSON, JSON-LD, YAML, HTTP)
Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, initiative, sens de l’organisation et du travail en équipe
Bonne maîtrise de l'anglais oral et écrit
Capacités de travail à distance
modélisation et représentation des connaissances
standards et technologies du web sémantique (OWL, RDF, JSON-LD)

Contraintes et risques :