L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Au sein de l’Unité GDEC (https://umr1095.clermont.hub.inrae.fr/) de l’INRAE, constituée d’environs 120 agents :
vous serez accueilli(e) au sein de l'équipe PaleoEVO (http://bit.ly/PaleoEvo) menant des recherche sur l’évolution passée des espèces végétales par l’étude du génome de leurs ancêtres. L’équipe d’accueil, composée d’une dizaine d’agents (chercheurs, ingénieurs, post-doctorants), assure l’accès aux ressources et outils (bio- informatiques) nécessaires à la pleine réalisation du projet.

Vous serez plus particulièrement en charge de :
Vous participerez à un projet ANR visant à étudier l’ADN ancien extraits de restes archéobotaniques de plantes (notamment de blé) ainsi que dans des sédiments. La mission confiée consiste à (1) analyser les séquences d’ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi: 10.1186/s13059-019-1627-1), (2) comparer la diversité génétique des espèces modernes à l’échelle populationnelle (Pont et al. 2019 doi.org/10.1038/s41588-019-0393-z) pour l’identification exhaustive de variants génétiques (polymorphisme SNP), et en intégrant les deux analyses précédentes, (3) identifier les traces de domestication-sélection (analyses phylogénétiques-démographiques, descriptives, fréquences alléliques…). L’analyse de séquences issues de métagénomique et metabarcoding de sédiments sera aussi envisagée.

Vous serez serez amené à travailler sur 2 sites distants de 5 kilomètres.

• Formation recommandée : ingénieur ou titulaire d’un Master dans le domaine de la génétique (et particulièrement génétique des populations)
• Connaissances souhaitées : Maîtrise de langages de programmation (, perl, JAVA, SQL, R, …) ainsi que des outils d’interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique. Exploitation des séquences (comparaison/mapping de séquences, utilisation de banque de données biologiques, alignements multiples, phylogénie, génétique populationnelle…). Maîtrise des techniques d’analyse de metabarcoding, métagénomique, et statistiques associées.
• Expérience appréciée : génomique et génétique des populations.
• Aptitudes recherchées : rigueur, autonomie, motivation, communication en anglais