Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
- Dans votre nouveau rôle, vous appliquerez des méthodes de pointe pour analyser et intégrer des données transcriptomiques spatiales et unicellulaires dans le but d'identifier des processus modulés pertinents et de répondre à des questions de recherche dans différents contextes.
- Avec un groupe d'experts et en collaboration avec la plateforme de biologie computationnelle de l'IPMC, vous contribuerez au traitement, au contrôle de la qualité et aux flux d'annotation pour les données spatio-cellulaires afin de garantir les normes de qualité les plus élevées.
- En outre, vous présenterez les résultats de l'analyse aux membres de votre équipe de projet et aux parties prenantes.
Activités :
1. Analyser des données transcriptomiques spatiales et unicellulaires à l’aide de méthodes bioinformatiques avancées.
2. Assurer le traitement, le contrôle qualité et l’annotation des données spatio-cellulaires.
3. Collaborer avec les équipes scientifiques et techniques pour garantir la fiabilité des analyses.
4. Présenter et valoriser les résultats auprès des équipes projet et des partenaires.

Contexte de travail :
L'IPMC est un centre d'excellence financé par le CNRS, l'INSERM et l'Université de Nice, avec plus de 200 scientifiques, étudiants et personnel de soutien. Le laboratoire de J. Barik (https://www.ipmc.cnrs.fr) s'intéresse à la modulation de la plasticité neuronale dans des conditions physiologiques et pathologiques. La solide expertise de l'équipe en électrophysiologie in vitro (champ et patch clamp sur tranche) et en comportement nous permet une approche transversale des mécanismes moléculaires aux résultats comportementaux. Pour manipuler les mécanismes cellulaires impliqués dans diverses pathologies, nous utilisons une approche virale pour l'expression de protéines in vivo ainsi que des lignées de souris transgéniques. Le poste est destiné à un biologiste computationnel motivé qui rejoindra notre mission d'identification de nouvelles thérapies dans les troubles du développement neurologique grâce à l'analyse computationnelle de données hautement complexes en transcriptomique spatiale et unicellulaire. Sous la supervision du chef de groupe, vous bénéficierez de l'expertise de la plateforme de biologie computationnelle de l'IPMC, composée de 6 analystes de données bioinformatiques. Vous serez responsable de la conception et du développement d'un pipeline d'analyse transcriptomique spatiale unicellulaire basé sur des méthodes computationnelles de pointe pour l'analyse des expériences de la plateforme Xenium de 10xGenomics basées sur l'imagerie.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Vous êtes titulaire au minimum d'un BAC+5 (ou diplôme d'ingénieur) en bio-informatique, biologie computationnelle, mathématiques ou expérience équivalente, et vous avez au moins 12 mois d'expérience dans un poste similaire.
- Expérience dans l'analyse de données transcriptomiques spatiales et unicellulaires, idéalement pour des plateformes spatiales basées sur l'imagerie.
- Expérience de l'analyse statistique des données et des méthodes d'apprentissage automatique pertinentes pour l'analyse des données omiques selon les principes des données FAIR.
- Maîtrise de R ou Python, expérience du contrôle de version (Github/Bitbucket), des outils de conteneurisation (Docker/Singularity) et des gestionnaires de flux de travail (Snakemake).
- Excellentes compétences en communication, présentation claire de sujets techniques.
- Vous êtes capable de rédiger des rapports de synthèse et de les présenter oralement (anglais et français) lors des réunions de projet.

Contraintes et risques :
pas de contrainte/risque particulier