L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

¡Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité de recherche BIA du centre INRAE de Nantes dont une partie des recherches visent à améliorer la santé globale du consommateur par l’alimentation. Vous travaillerez au sein de l’équipe Allergie qui a notamment pour objectif de mieux appréhender les facteurs liés au développement et à la sévérité des allergies alimentaires. Plus précisément, l’équipe Allergie cherche à comprendre comment la transition alimentaire, notamment l’utilisation de nouvelles sources de protéines ou de nouveaux procédés dans nos aliments, peut impacter les risques d’allergies alimentaires et peut aider au développement de nouvelles stratégies pour prévenir ces risques (https://ur-bia.angers-nantes.hub.inrae.fr/equipes-de-recherche/all ). 

¡ Votre mission consistera à caractériser le système immunitaire du sang des enfants de l’étude clinique PPREGRALL au sein du projet PREVALLMAT (https://ur-bia.angers-nantes.hub.inrae.fr/equipes-de-recherche/all/projets-en-cours/prevallmat) financé par les mutuelles AXA. Le défi du projet PREVALLMAT est de développer une stratégie nutritionnelle maternelle capable de moduler le microbiote et de prévenir les maladies allergiques chez l'enfant. Ce projet permettra également de mieux comprendre les mécanismes précoces et les biomarqueurs impliqués dans le développement et/ou la prévention des maladies allergiques Vous travaillerez étroitement avec la coordinatrice du projet, Marie Bodinier, directrice de recherche et responsable de l’équipe Allergie. Votre mission sera d’analyser à partir du sang des enfant de 5 ans de l’étude clinique PREGRALL 1/les fréquences des cellules innées et adaptatives, telles que les cellules dendritiques, les cellules B, les cellules T et les cellules NK, avec une identification de la sécrétion de cytokines par cytométrie de flux spectrale ; 2/ La réponse immunitaire innée au microbiote (l'analyse de l'immunité entraînée (« trained immunity »). Les analyses supervisées et non-supervisées seront faites sur le logiciel OMIQ. Vous interagirez avec les partenaires du projet et diffuserez vos résultats via différents modes de valorisation : congrès, réunions de projets, publications, séminaires. 

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Caractériser exhaustivement les cellules immunitaires au niveau systémique chez l'enfant issu de PREGRALL (sang):
• Evaluer les fréquences cellulaires innées et adaptatives, telles que les cellules dendritiques (conventionnelles, plasmacytoïdes et tolérogènes), les cellules B (naïves, mémoires, plasmablastes, régulatrices, transitionnelles et statut Ig), les cellules T (effecteur CD4+ : Th, TFH, régulateur, naïf ; cytotoxique CD8+ : naïves, TEMRA, MAIT, cellules gdT, avec des biomarqueurs d'activation et d’exhaustion) et les cellules NK. La sécrétion de cytokines (IL-10, IL-4, IL-13, IL-17, IFNg, TNFa et TGFb) par ces cellules sera également déterminée. Le nombre attendu d’échantillons est de 124 et l’acquisition sera faite par cytométrie de flux spectrale (Cytek Aurora)
• Evaluer la réponse immunitaire innée au microbiote : analyse de l'immunité entraînée : La réponse immunitaire innée au microbiote sera analysée en utilisant des monocytes isolés à partir des échantillons sanguins des enfants de 5 ans (124 échantillons) par tri cellulaire immunomagnétique. Les monocytes seront ensuite stimulés par une gamme de ligands de récepteurs Toll-like (TLR2,3,4,5,9), et la sécrétion de cytokines (IL-1β, -6, -8, -10,-12 et TNFα) sera mesurée par ELISA et par le kit MACSPlex cytokines.
• d’analyser de façon supervisée et non supervisées, les données de cytométrie de flux spectrale avec le logiciel OMIC
• d’analyser et mettre en forme les résultats pour leur présentation. 
• de rédiger des rapports d’expérience ou d’étude et des publications . 
• de présenter vos résultats au seins des réunions des projets et des congrès
• d’encadrer les techniciens (nes) 
• de former et apporter un appui technique aux non permanents.
• de gérer les jalons et suivre les livrables selon les objectifs définis des projets
• de budgétiser vos expériences 

Formation recommandée : Bac+ 8– Diplôme de doctorat 

Connaissances souhaitées : Immunologie, biologie, cytométrie en flux, analyses statistiques, bonne maitrise de l’anglais oral et écrit (niveau C1).

Expérience appréciée : Une expérience d’au moins 2 ans serait appréciée.

Aptitudes recherchées : Travail en équipe, autonomie, rigueur, organisation, qualités rédactionnelles, réactivité, prise d’initiatives et capacité à anticiper.