L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli au sein de l’Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (URP3F) d’INRAE à Lusignan. Ses objectifs de recherche sont de produire des connaissances, des références et des outils permettant de développer, à travers l’amélioration génétique et l’amélioration des pratiques, des systèmes prairiaux (1) plus économes en intrants, à travers une plus grande utilisation des légumineuses notamment dans les associations ; (2) plus pérennes face aux contraintes actuelles et futures de l’environnement, notamment climatiques, à travers le développement de variétés et de mélanges prairiaux plus adaptés ; (3) plus durables sur le plan de leurs impacts environnementaux (stockage de carbone dans le sol, émissions de N₂O, lixiviation, biodiversité).

Dans le cadre de plusieurs projets depuis 2018, nous avons étudié la diversité génétique de la luzerne, une légumineuse fourragère d’intérêt majeur pour la transition agroécologique. Après la mise au point de marqueurs moléculaires haut-débit (GBS), il a été possible de caractériser la diversité génétique cultivée en zone tempérée et de trouver une structuration géographique peu liée aux performances agronomiques. Plus récemment, avec l’étude d’une collection regroupant 1800 accessions sauvages et cultivées du complexe d’espèces Medicago sativa, une nouvelle histoire évolutive des sous-espèces du complexe a été décrite, et un événement unique de domestication suivi de nombreux flux de gènes avec des populations locales est proposé. Par ailleurs, une séquence de référence d’un génotype français de luzerne a été obtenu, dans un panorama où les génomes publiés sont majoritairement chinois ou américains.

Suite à ces avancées, de nouveaux travaux sont nécessaires pour encore mieux connaître la diversité génétique de la luzerne et proposer des pistes pour l’exploiter dans les programmes d’amélioration.

Vos missions s’articuleront autour de l’adaptation de la luzerne au changement climatique et de la caractérisation des ressources génétiques pour leur utilisation en sélection :

• En utilisant les accessions sauvages géoréférencées du complexe Medicago sativa, vous identifierez les marqueurs associés aux conditions pédoclimatiques régionales. Pour cela, vous utiliserez des méthodes développées dans l’Unité pour l’analyse de génomique du paysage et d’estimation de la vulnérabilité génomique (ou genomic offset) à l’échelle européenne pour différentes trajectoires climatiques. Une validation de l’offset génomique des variétés pourra se faire sur un jeu de données phénotypiques déjà acquis. La présence des allèles favorables aux adaptations dans les variétés cultivées et dans le matériel de sélection sera diagnostiquée pour proposer des pistes d’amélioration aux sélectionneurs, sans ou avec utilisation de ressources génétiques exotiques.
• A l’aide des résultats déjà publiés par l’unité et vos découvertes de loci adaptatifs, vous aiderez à définir une core-collection. Cette collection de taille réduite intégrera la diversité neutre, adaptative et phénotypique de l’espèce.

• Enfin, vous développerez des modèles de prédiction génomique multi-environnements intégrant l’information adaptative, afin d’évaluer le potentiel des variétés et du matériel en sélection sous des climats futurs et de proposer des pistes d’amélioration aux sélectionneurs.

  Une part de télétravail est possible, limitée à 3 jours par semaine maximum, en fonction des besoins du service

Formation initiale recommandée : Doctorat en génétique végétale

Le•la candidate devra avoir des connaissances théoriques et pratiques : 

• Génétique quantitative, génétique des populations, amélioration des plantes
• Génétique des populations
• Traitement de données, langage informatique R
• Des bases en génomique comparée et en intelligence artificielle appliquée seront appréciées.
• Anglais scientifique courant