L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli.e au sein de l’UMR IGEPP (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes) sur le site de Ploudaniel (Finistère). Cette unité a pour mission de développer des méthodes innovantes et durables en production et protection des plantes en s’appuyant sur la connaissance des processus biologiques, écologiques et évolutifs en œuvre dans les agro-écosystèmes. Elle rassemble des généticiens, pathologistes et nématologistes développant notamment, des recherches reconnues sur l’amélioration génétique de la pomme de terre pour la résistance à différents bioagresseurs et la production de matériel de prebreeding innovant contribuant ainsi à la création, par le secteur privé, de variétés de pomme de terre présentant une multi-résistance durable.

Sur le site de Ploudaniel, les travaux conduits sur la pomme de terre ont pour objectif de 1) maintenir et caractériser les ressources génétiques Pomme de terre et espèces apparentées du CRB BrACySol, 2) identifier des gènes de résistance à différents pathogènes et des marqueurs moléculaires utilisables en sélection assistée par marqueurs, et 3) créer du matériel de pré-breeding. Ces travaux bénéficient de serres, de laboratoires de culture in vitro et de biologie moléculaire et s’appuient sur des expérimentations au champ conduites au sein de l’unité expérimentale RGCO. Ce site rassemble des agents INRAE et des agents de la filière Pomme de terre : inov3PT/FN3PT (filière Plant) et ACVNPT (sélection).

Nous recherchons un.e ingénieur.e pour contribuer au projet CASDAR POPEYE (2026-2029) dont l’objectif est de développer des outils pour sélectionner des variétés de pomme de terre résistantes au mildiou et au virus PVY. Les actions de ce projet portent notamment sur l’identification de nouvelles sources de résistance à ces deux pathogènes par phénotypage, l’identification de gènes/QTL de résistance par génétique d’association ou génétique de liaison, le développement de marqueurs moléculaires utilisables en sélection assistée par marqueurs et le développement de modèles de prédiction génomique. Ce projet est porté par INRAE et les partenaires sont inov3PT, Arvalis, ACVNPT et GEVES.

Vous aurez pour missions de mettre en œuvre des analyses de génétique quantitative à partir de différents jeux de données de génotypage et de phénotypage déjà acquis ou qui seront acquis dans le cadre du projet POPEYE. Vous contribuerez également au développement de marqueurs moléculaires utilisables en sélection assistée par marqueurs. Vous vous appuierez sur les savoir-faire acquis par l’équipe d’accueil en matière de génétique quantitative, et notamment sur les travaux réalisés dans le cadre d’une thèse CIFRE (2022-2024). Pour conduire ces analyses, vous interagirez avec les ingénieurs du site de Ploudaniel, des chargés de recherche basés sur le site du Rheu, ainsi qu’avec les partenaires du projet.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Réaliser des analyses de génétique d’association en utilisant des données de génotypage GBS et des données de phénotypage multi-sites pour la résistance au mildiou déjà acquises sur un panel de géniteurs améliorés de pomme de terre,
• Réaliser une analyse de génétique de liaison en utilisant des données de génotypage GBS et des données de phénotypage pour la résistance au mildiou déjà acquises sur une descendance dihaploïde de pomme de terre,
• Analyser des données de phénotypage pour la résistance au mildiou et des données de génotypage GBS qui seront acquises dans le cadre du projet POPEYE sur un autre panel, 
• Contribuer à la conversion de marqueurs SNP en marqueurs de type PACE utilisables en sélection assistée par marqueurs
• Présenter les résultats en réunion de projet
• Rédiger des comptes rendus

• Formation recommandée : Master 2 ou diplôme d’ingénieur en amélioration des plantes
• Connaissances souhaitées : Génétique quantitative, Analyse de données génomiques, Analyses statistiques (Utilisation de R), Bioinformatique
• Expérience appréciée : Analyse QTL et GWAS, une expérience en Biologie moléculaire serait un plus
• Aptitudes recherchées : Goût pour l’analyse de données, Travail en autonomie, Bonne organisation, Bonne aptitude à communiquer et à travailler en équipe