L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli au sein de l'Institut Micalis, unité mixte de recherche associant l'INRAE et AgroParisTech et faisant partie de l'Université Paris-Saclay.

Sa mission est de développer des recherches innovantes dans le domaine de la microbiologie des aliments pour la santé. Les trois axes thématiques correspondent à trois domaines de recherche prioritaires:

 -L'émergence et le contrôle des microorganismes pathogènes opportunistes d'origine alimentaire et l'adaptation des bactéries à leur environnement.

-Les écosystèmes microbiens alimentaires et intestinaux et les interactions fonctionnelles entre l'aliment, le microbiote et l'hôte.

-La biologie synthétique et la biologie des systèmes microbiens

Le projet sera réalisé au sein de l’équipe de recherche "Cosynus" dirigée par Tristan Rossignol et Young-Kyoung Park à l'Institut Micalis, dans la division de Microbiologie des Systèmes et de Synthèse. L'équipe se concentre sur le développement de consortia synthétiques comme usines cellulaires microbiennes et possède une forte expertise dans la biologie synthétique de la levure Yarrowia lipolytica, espèce à fort potentiel en tant que châssis industriel ¹. Les usines cellulaires microbiennes sont considérées comme une alternative prometteuse à la production pétrochimique ou à l'extraction de produits végétaux. Nous nous concentrons particulièrement sur la bioproduction de terpènes et de pigments ². 

Les caroténoïdes sont des pigments présentant des propriétés antioxydantes, nutraceutiques d’intérêt industriel, mais leur extraction à partir de sources naturelles est souvent inefficace et coûteuse. Le projet vise à utiliser la levure Yarrowia lipolytica comme usine microbienne pour la biosynthèse de caroténoïdes, en introduisant et en optimisant des voies métaboliques spécifiques aux algues. Cette plateforme microbienne offre une alternative modulaire et plus écologique à la synthèse chimique ou à l'extraction de caroténoïdes spécifiques à partir de plantes ou d'algues, présents uniquement à faibles concentrations.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

- l’ingénierie génétique de Y. lipolytica à l'aide d'outils de biologie synthétique (GoldenGate assembly, CRISPR, etc.)

- l’analyse des croissances à différentes échelles (microplaques, erlen, etc.)

- analyses des métabolites (substrats et caroténoïdes – HPLC)

Formation recommandée : Ingénieur ou master 2 en biologie synthétique, biologie moléculaire, microbiologie

• Connaissances souhaitées : Biologie moléculaire, Biologie de synthèse, Bioproduction 
• Expérience appréciée : Clonage moléculaire incluant les méthodes d'assemblage multi fragments et l'édition du génome par CRISPR/Cas9, ingénierie et cultures de levures
• Aptitudes recherchées : Communication, organisation, diffusion (écrite et orale).

Nous recherchons des candidats très motivés dans le domaine de l'ingénierie métabolique, de la biologie synthétique et de la biotechnologie microbienne. Des expériences antérieures en biologie moléculaire et en ingénierie des levures seront appréciées. Le poste requiert des capacités d'organisation pour des tâches multiples et l'aptitude à travailler de manière indépendante mais aussi en coopération avec des collègues au sein de l’institut.