Missions principales

1. Développement de pipelines bio-informatiques
• Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de phages et de bactéries.
• Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.

2. Analyse de données et modélisation
• Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.
• Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).
• Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.

3. Intégration et gestion des données
• Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.
• Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.

4. Interaction avec l’équipe expérimentale
• Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.
• Participation à la conception des méthodes expérimentales.

Formation
• Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, génomique, biostatistiques, microbiologie computationnelle ou domaine associé.
Compétences techniques
• Excellente maîtrise de Python et/ou R.
• Bonne connaissance de Bash / Linux.
• Maîtrise des outils bioinformatiques courants (assemblage, annotation, analyse comparative).
• Bases solides en statistiques.
• Connaissances en machine learning appréciées.

Qualités personnelles
• Rigueur, autonomie, organisation.
• Curiosité scientifique et esprit critique.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.