Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Ingénieur de recherche (28 mois) participant à la réalisation d’un projet collaboratif en onco-immunologie sur des tumeurs d’une cohorte de patients atteints de carcinomes épidermoïdes de la tête et du cou. Assurer l’organisation et l’exécution expérimentale du projet en collaboration avec les plateformes technologiques (Imagerie par cytométrie de masse, transcriptomique spatiale). Ces études utiliseront des données scRNAseq et d’imagerie multidimensionnelle (proteines/ARN). Le candidat participera à la conception de panels d’analyses multiparamétriques. Il utilisera/développera des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale des images en étroite interaction avec les membres de l'équipe et le réseau de collaborateurs scientifiques et cliniques du projet.
Activités :
- Participer à la conception de panels de marquages en imagerie multiparamétrique (imagerie par cytométrie de masse, immunofluorescence)
- Participer à la conception d’un panel de transcriptomique spatiale
- Coordonner le transfert des échantillons biologiques entre partenaires
- Gérer les données d’imagerie haute dimension générées (IMC, transcriptomique spatiale)
- Appliquer des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale de marquages de coupes de tumeurs humaines
- Développer des méthodes informatiques pour l’analyse spatiale de marquages multiparamétriques de coupes de tumeurs humaines
- Assurer la mise en forme des résultats et la présentation des résultats
- Rédiger des rapports

Contexte de travail :
La structure: Le laboratoire de recherche des Drs Véronique Braud et Fabienne Anjuère est établi à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) (https://www.ipmc.cnrs.fr) (Université Côte d'Azur, Sophia Antipolis, France), un institut de recherche qui offre un excellent environnement de recherche multidisciplinaire stimulant et des technologies de pointe.
Le Laboratoire: Notre équipe de recherche combine des approches complémentaires pour étudier la surveillance immunitaire dans les épithéliums sains et pathologiques. Des travaux récents menés par l'équipe ont permis de caractériser l’immunosuppression associée au développement de carcinomes épidermoïdes cutanés (cSCC) et aux carcinomes de la tête et du cou (HNSCC). Grâce au profilage de l'expression génique et à des analyses phénotypiques et fonctionnelles par cytométrie multiparamétrique, nous avons caractérisé les cellules immunitaires infiltrant les cSCC/HNSCC et leurs interactions au sein du tissu tumoral, identifié les mécanismes qui favorisent la croissance tumorale et proposé une reprogrammation des cellules immunitaires (Khou-20, Luci-21, Bourdely-22, Goncalves-Maia-20, Spenlé-20). Le développement d’un panel d’anticorps ciblant 39 variables sur une coupe unique de tumeur pour l’imagerie par cytométrie de masse et l’application de cette approche à une cohorte de cSCC a permis d’identifier des caractéristiques immunologiques spatiales d
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Nous recherchons un ingénieur de recherche très motivé(H/F), capable de faire preuve d'esprit critique et d’autonomie.
Grande rigueur, précision et organisation dans la gestion et l’analyse des données
Conception de nouvelles techniques et analyses
Mise en forme des résultats, analyses statistiques et capacité rédactionnelle
Maitrise des langages informatiques (R et python)
Connaissance en onco-immunologie , imagerie, cytométrie en flux
Capacité à communiquer en anglais parlé et écrit

Contraintes et risques :
Contraintes classiques liées à l'utilisation de matériels biologiques et chimiques.
L'activité peut nécessiter l'adaptation à des contraintes de services et d'horaires.