Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques.

Le projet se structure autour de 2 axes :
i) Développement de nouveaux outils basés sur l'ADNe/ARNe et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce
ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires

Activités :
-Travail terrain : échantillonnage en milieu aquatique, prélèvements ADNe/ARNe
-Extractions ADN/ARN
-PCRs digitales / métabarcoding par PCR pour séquençage Illumina
-Mise au point ou ajustement de protocoles existants

Contexte de travail :
La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier. Elle travaillera à la plateforme B2M du CRBE et effectuera du terrain dans les rivières et lacs du bassin Adour-Garonne (y compris des sites en montagne dans les Pyrénées).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Des compétences préalables sur la manipulation de pathogènes seront obligatoires
- Une très bonne expérience de terrain sur l’échantillonnage ADNe/ARNe est requise (filtration, transport)
- Une expérience de terrain en milieu difficile est requise (terrain en montagne dans les Pyrénées)
-Biologie moléculaire : solides compétences en extraction d’ADN/ARN, dPCR, multiplexage
-Savoir suivre un protocole
-Savoir adapter un protocole de biologie moléculaire

Contraintes et risques :
Travail de terrain en milieu isolé